| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,794,406 | T→C | 44.6% | R424R (CGT→CGC) | gabP → | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,794,406 | 0 | T | C | 44.6% | 10.6 / 59.3 | 74 | R424R (CGT→CGC) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/25); new base C (22/11); total (38/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
TATCCGTGGCTCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAAT > minE/1794341‑1794474 | tATCCGTGGCTCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATtccgtccg > 1:2517857/1‑69 (MQ=255) gCTCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCTCAACa < 1:182493/69‑1 (MQ=255) gCTCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACa < 1:2214263/69‑1 (MQ=255) gCTCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACa < 1:2973144/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:2164703/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:448692/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:1880599/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:2362309/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:2390887/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:400466/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:687255/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:676771/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:145835/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:2956127/69‑1 (MQ=255) tCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:1185814/69‑1 (MQ=255) cACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACa > 1:1342394/1‑66 (MQ=255) cACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGt < 1:2366294/68‑1 (MQ=255) cTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGa > 1:2683049/1‑69 (MQ=255) cTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGa > 1:2876628/1‑69 (MQ=255) cTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGa > 1:2977057/1‑69 (MQ=255) cTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGa > 1:567682/1‑69 (MQ=255) tAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTg < 1:2279598/68‑1 (MQ=255) tAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTg < 1:863529/68‑1 (MQ=255) tAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTg < 1:404045/68‑1 (MQ=255) tAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTg < 1:1566156/68‑1 (MQ=255) tAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTg < 1:1227592/68‑1 (MQ=255) aTCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTcc < 1:357191/69‑1 (MQ=255) aTCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTcc < 1:464392/69‑1 (MQ=255) aTCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTcc > 1:98894/1‑69 (MQ=255) aTCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTcc < 1:3141101/69‑1 (MQ=255) aTCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTcc < 1:2386640/69‑1 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:37858/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:2654851/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:2682354/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:2743072/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:622630/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:1118557/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:3001078/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:3196290/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:3280584/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:3281281/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:3283124/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:335394/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:60755/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:2060746/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:2568745/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:2547732/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:1617109/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:2312535/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:161866/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:937902/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGCCCgg > 1:1817077/1‑44 (MQ=255) cGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTACGCCCgg > 1:5519/1‑44 (MQ=255) gCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACa < 1:2213713/49‑1 (MQ=255) tttATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCgg > 1:48729/1‑68 (MQ=255) tttATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCgg > 1:927766/1‑68 (MQ=255) tttATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCgg > 1:1150287/1‑68 (MQ=255) tttATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCgg > 1:2502233/1‑68 (MQ=255) tttATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCgg > 1:2127256/1‑68 (MQ=255) ccTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCttatta > 1:3095821/1‑68 (MQ=255) ccTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCttatta > 1:1384324/1‑68 (MQ=255) ccTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCttatta > 1:2127877/1‑68 (MQ=255) aGTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:1022080/47‑1 (MQ=255) aGTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:570059/47‑1 (MQ=255) aGTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:3417774/47‑1 (MQ=255) aGTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:627197/47‑1 (MQ=255) aGTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:232601/47‑1 (MQ=255) aGTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:2031408/47‑1 (MQ=255) aGTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:1939981/47‑1 (MQ=255) aGTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:1509210/47‑1 (MQ=255) aGTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:1384962/47‑1 (MQ=255) aGTGAAGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:792008/47‑1 (MQ=255) gTGATGCTATTCCGCCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCg < 1:1886259/46‑1 (MQ=255) aTGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGt > 1:108931/1‑69 (MQ=255) aTGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCT‑CACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTa > 1:3412744/1‑69 (MQ=255) tccgtccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTg > 1:2647694/1‑68 (MQ=255) tccgtccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTg > 1:2471945/1‑68 (MQ=255) ccgtccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTAc > 1:2521479/1‑63 (MQ=255) ccgtccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGcc > 1:2662503/1‑69 (MQ=255) ccgtccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGcc > 1:183791/1‑69 (MQ=255) ccgtccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGcc > 1:1563935/1‑69 (MQ=255) ccgtccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGc > 1:1620764/1‑68 (MQ=255) tccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAgg < 1:2226965/48‑1 (MQ=255) tccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGGCAAt < 1:2903712/69‑1 (MQ=255) tccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt < 1:420738/69‑1 (MQ=255) tccgGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAAt < 1:958695/69‑1 (MQ=255) | TATCCGTGGCTCACCTGGCTAGTCATCGGCTTTATTACCTTTGTGTTGGTAGTGATGCTATTCCGTCCGGCGCAACAGTTAGAAGTGATCTCCACCGGCTTATTAGCGATAGGGATTATCTGTACCGTGCCAAT > minE/1794341‑1794474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |