| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,802,502 | T→C | 29.3% | pseudogene (726/882 nt) | ygaY → | ECK2675:JW5428:b2681; predicted transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,802,502 | 0 | T | C | 29.3% | 46.0 / 21.0 | 51 | pseudogene (726/882 nt) | ygaY | ECK2675:JW5428:b2681; predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/26); new base C (5/10); total (15/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
CGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAA > minE/1802444‑1802556 | cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2224835/69‑1 (MQ=255)cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2879396/69‑1 (MQ=255)cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2713209/69‑1 (MQ=255)cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2666240/69‑1 (MQ=255)cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2386131/69‑1 (MQ=255)cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:2255888/69‑1 (MQ=255)cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:216102/69‑1 (MQ=255)cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:1013969/69‑1 (MQ=255)cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:1062859/69‑1 (MQ=255)cGGTAATTTATCGAATACACCCTGATGCGCGTAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTa < 1:1852800/69‑1 (MQ=255) ttATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACttt < 1:1681233/61‑1 (MQ=255) ttATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACttt < 1:2834243/61‑1 (MQ=255) ttATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACttt < 1:3145338/61‑1 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:2409374/1‑69 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:1090038/1‑69 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:586916/1‑69 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:1254825/1‑69 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:700639/1‑69 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:3309446/1‑69 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:1349824/1‑69 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:538178/1‑69 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTATATTGGCCGt > 1:3429227/1‑69 (MQ=255) tATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACAGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGt > 1:566262/1‑69 (MQ=255) gATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:925275/68‑1 (MQ=255) taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc > 1:1329976/2‑69 (MQ=255) taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc > 1:2784653/2‑69 (MQ=255) taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc > 1:2801269/2‑69 (MQ=255) taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc > 1:2048888/2‑69 (MQ=255) taaTCGCCTGACCGCAGGTTACATGACCAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcag > 1:1880196/2‑68 (MQ=255) cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:3205150/69‑1 (MQ=255) cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:534913/69‑1 (MQ=255) cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:2850318/69‑1 (MQ=255) cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:2477787/69‑1 (MQ=255) cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:2212165/69‑1 (MQ=255) cAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagc < 1:1676983/69‑1 (MQ=255) cTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagcctcagc < 1:629697/68‑1 (MQ=255) cTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagcctcagc < 1:2331291/68‑1 (MQ=255) cTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTtcagcctcagc < 1:364625/68‑1 (MQ=255) cTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGACGCCGGTTCGCTAATTtcagcctcagc < 1:554799/68‑1 (MQ=255) gCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCaa < 1:3412416/69‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:866566/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:982691/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:3410289/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:3041813/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:268120/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:2640680/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:259832/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:2496652/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:213017/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCt < 1:2046477/41‑1 (MQ=255) tACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGc < 1:3372410/61‑1 (MQ=255) | CGGTAATTTATCGGATACATCCTGATGCGCGCAATCGCCTGACCGCAGGTTACATGACTAGCTACTTTATTGGCGGTGCCGCCGGTTCGCTAATTTCAGCCTCAGCCTGGCAA > minE/1802444‑1802556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |