Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,803,549 T→C 51.0% V14A (GTG→GCG)  ygaH → predicted inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,803,5490TC51.0% ‑2.8 / 46.0 53V14A (GTG→GCG) ygaHpredicted inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (14/12);  new base C (17/10);  total (31/22)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01

GGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGT  >  minE/1803486‑1803595
                                                               |                                              
ggCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTtggcgtggcg                                            >  1:1610364/1‑68 (MQ=255)
      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:796398/1‑69 (MQ=255)
      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:1886438/1‑69 (MQ=255)
      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:543366/1‑69 (MQ=255)
      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:2511837/1‑69 (MQ=255)
      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:3273659/1‑69 (MQ=255)
      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:1625181/1‑69 (MQ=255)
            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:3192948/1‑60 (MQ=255)
            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:2999891/1‑60 (MQ=255)
            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:3022128/1‑60 (MQ=255)
            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:1627678/1‑60 (MQ=255)
            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:1281332/1‑60 (MQ=255)
                 cgcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTAt                          <  1:3056451/69‑1 (MQ=255)
                 cgcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTAt                          <  1:1211517/69‑1 (MQ=255)
                  gcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTAt                          <  1:2629958/68‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTTGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:1848825/69‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:2356122/69‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:2429449/69‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:919819/69‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:3005843/69‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:3063464/69‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:3333677/69‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:593517/69‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:898482/69‑1 (MQ=255)
                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:1798333/69‑1 (MQ=255)
                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:2241642/69‑1 (MQ=255)
                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:392545/69‑1 (MQ=255)
                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:3325821/69‑1 (MQ=255)
                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:3259966/69‑1 (MQ=255)
                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:3084971/69‑1 (MQ=255)
                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:1577007/69‑1 (MQ=255)
                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:1861360/69‑1 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTg                                    >  1:1037871/1‑44 (MQ=38)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGGTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1535397/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt            >  1:788422/1‑68 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt            >  1:1388594/1‑68 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:3394361/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:2159949/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:107956/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:673198/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1088199/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1216161/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:2091071/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1845789/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1252983/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:3278251/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:2547719/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:285173/1‑69 (MQ=255)
                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1677439/1‑69 (MQ=255)
                                 aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1056735/1‑68 (MQ=255)
                                 aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc          >  1:3090103/1‑69 (MQ=255)
                                 aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc          >  1:1971040/1‑69 (MQ=255)
                                           gctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGt  <  1:362447/67‑1 (MQ=255)
                                             ttGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:855281/52‑1 (MQ=255)
                                                          tggcgcggcgAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:2035396/36‑1 (MQ=37)
                                                               |                                              
GGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGT  >  minE/1803486‑1803595

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: