| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,803,572 | T→C | 44.3% | L22L (TTG→CTG) | ygaH → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,803,572 | 0 | T | C | 44.3% | 9.4 / 47.5 | 61 | L22L (TTG→CTG) | ygaH | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/15); new base C (16/11); total (35/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
GAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTA > minE/1803511‑1803629 | gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTTGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:1848825/69‑1 (MQ=255)gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:2356122/69‑1 (MQ=255)gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:919819/69‑1 (MQ=255)gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:898482/69‑1 (MQ=255)gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:593517/69‑1 (MQ=255)gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:3333677/69‑1 (MQ=255)gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:3063464/69‑1 (MQ=255)gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:3005843/69‑1 (MQ=255)gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:2429449/69‑1 (MQ=255)gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:1798333/69‑1 (MQ=255) cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:3084971/69‑1 (MQ=255) cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:2241642/69‑1 (MQ=255) cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:1577007/69‑1 (MQ=255) cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:3259966/69‑1 (MQ=255) cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:3325821/69‑1 (MQ=255) cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:392545/69‑1 (MQ=255) cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:1861360/69‑1 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGGTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1535397/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt > 1:1388594/1‑68 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt > 1:788422/1‑68 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1252983/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1845789/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:673198/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1088199/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:3394361/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:2091071/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:2159949/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:3278251/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1677439/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:107956/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1216161/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:285173/1‑69 (MQ=255) gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:2547719/1‑69 (MQ=255) aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTg > 1:1056735/1‑68 (MQ=255) aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc > 1:3090103/1‑69 (MQ=255) aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc > 1:1971040/1‑69 (MQ=255) gctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGt < 1:362447/67‑1 (MQ=255) ttGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:855281/52‑1 (MQ=255) tggcgcggcgAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:2035396/36‑1 (MQ=37) gcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGgc > 1:2498429/1‑69 (MQ=255) gcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGgc > 1:102628/1‑69 (MQ=255) tattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggta < 1:1888310/69‑1 (MQ=255) tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:2745224/1‑69 (MQ=255) tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:813618/1‑69 (MQ=255) tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:74680/1‑69 (MQ=255) tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:71571/1‑69 (MQ=255) tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:71033/1‑69 (MQ=255) gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:2814340/69‑1 (MQ=255) gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:1754162/69‑1 (MQ=255) gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:1140637/69‑1 (MQ=255) gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:2189584/69‑1 (MQ=255) gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:2192835/69‑1 (MQ=255) aTTTGCCGCTGCGCCTTCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:2054815/1‑60 (MQ=255) aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:1984118/1‑60 (MQ=255) aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:3433040/1‑60 (MQ=255) aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:116619/1‑60 (MQ=255) aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:823653/1‑60 (MQ=255) aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:1205885/1‑60 (MQ=255) aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:882962/1‑60 (MQ=255) aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:1575582/1‑60 (MQ=255) aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:1445603/1‑60 (MQ=255) | GAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTA > minE/1803511‑1803629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |