| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,806,227 | C→T | 37.8% | V149V (GTC→GTT) | emrB → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,806,227 | 0 | C | T | 37.8% | 31.4 / 34.4 | 58 | V149V (GTC→GTT) | emrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/17); new base T (4/18); total (23/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
GCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGA > minE/1806161‑1806288 | gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2925824/1‑69 (MQ=255)gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2430778/1‑69 (MQ=255)gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2200259/1‑69 (MQ=255)gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:755632/1‑69 (MQ=255)gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2190376/1‑69 (MQ=255)gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:702720/1‑69 (MQ=255)gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:643457/1‑69 (MQ=255)gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:635972/1‑69 (MQ=255)gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:3372015/1‑69 (MQ=255)gCTGAATAACTACCCGCCAGACAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2866705/1‑69 (MQ=255) gAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGcc < 1:997676/69‑1 (MQ=255) gAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGcc < 1:2360115/69‑1 (MQ=255) gAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGcc < 1:3027854/69‑1 (MQ=255) gAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGcc < 1:855208/69‑1 (MQ=255) aaTAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCa > 1:445995/1‑69 (MQ=255) aaTAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCa > 1:81544/1‑69 (MQ=255) aaTAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCa > 1:2957649/1‑69 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:3336732/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:3135279/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:733958/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:829735/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:864507/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:895690/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:3029635/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1136555/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1279797/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1274484/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1241431/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1391477/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:2436009/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:2582710/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGACAATTTg < 1:484646/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGAGCCAATTTg < 1:1591961/68‑1 (MQ=255) tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTCTTGCGCCAATTTg < 1:145390/68‑1 (MQ=255) aCCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:2703676/67‑1 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGa > 1:3241586/1‑69 (MQ=255) cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGa > 1:2695937/1‑69 (MQ=255) cagccaAACGATCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcg > 1:202923/1‑51 (MQ=255) caAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCt > 1:1389386/1‑69 (MQ=255) gCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTcggcg < 1:3144666/69‑1 (MQ=255) gCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTcggcg < 1:1292136/69‑1 (MQ=255) gCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTcggcg < 1:2310620/69‑1 (MQ=255) gCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTcggcg < 1:112538/69‑1 (MQ=255) gTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGAt < 1:3339994/67‑1 (MQ=255) gTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGGTATATCAGCGAt < 1:1393342/67‑1 (MQ=255) gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:783341/1‑68 (MQ=255) gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:1087945/1‑68 (MQ=255) gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:885060/1‑68 (MQ=255) gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:971883/1‑68 (MQ=255) gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:2605228/1‑68 (MQ=255) gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:3361910/1‑68 (MQ=255) ggTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTAc < 1:902096/68‑1 (MQ=255) cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:822573/1‑69 (MQ=255) cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:2794608/1‑69 (MQ=255) cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:963408/1‑69 (MQ=255) cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:1635277/1‑69 (MQ=255) cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:3431659/1‑69 (MQ=255) cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:641615/1‑69 (MQ=255) cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGACCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:301150/1‑69 (MQ=255) aTGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGTGATAATTACCACTgg > 1:562204/1‑69 (MQ=255) aTGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGTGATAATTACCACTgg > 1:1025413/1‑69 (MQ=255) aTGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGTGATAATTACCACTgg > 1:1211950/1‑69 (MQ=255) aTGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGTGATAATTACCACTgg > 1:701340/1‑69 (MQ=255) tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGTCTGGa < 1:3280931/69‑1 (MQ=255) tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:3369132/69‑1 (MQ=255) tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:3297473/69‑1 (MQ=255) tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:2380769/69‑1 (MQ=255) tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:2538952/69‑1 (MQ=255) tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:552943/69‑1 (MQ=255) | GCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGA > minE/1806161‑1806288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |