| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,807,046 | C→T | 48.0% | T422T (ACC→ACT) | emrB → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,807,046 | 0 | C | T | 48.0% | 4.4 / 65.8 | 77 | T422T (ACC→ACT) | emrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/17); new base T (16/21); total (39/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
CTTTACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGTTC > minE/1806989‑1807097 | cTTTACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTc < 1:1215978/69‑1 (MQ=255)cTTTACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTc < 1:3225856/69‑1 (MQ=255)cTTTACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATCTGGACTAACCGCGAGTc < 1:2089580/69‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTGTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:1888811/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTGTCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTc < 1:2692055/68‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:3136224/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:1699383/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:2525767/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:2978917/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:3045915/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:1459773/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:411410/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:460181/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:1312219/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:740045/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:944262/59‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTc < 1:1024930/68‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTc < 1:857651/68‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTc < 1:1656981/68‑1 (MQ=255) tttACGCGAACGCTGGCGGGGGCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTaa < 1:2701225/59‑1 (MQ=255) ttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGa < 1:987755/69‑1 (MQ=255) ttACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGa < 1:1672084/69‑1 (MQ=255) ctaaCGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCAc < 1:3400964/67‑1 (MQ=255) cgAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCAc < 1:2727667/69‑1 (MQ=255) cgAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCAc < 1:2770848/69‑1 (MQ=255) cgAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCAc < 1:3000907/69‑1 (MQ=255) cgAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCAc < 1:24848/69‑1 (MQ=255) cgAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCAc < 1:2471695/69‑1 (MQ=255) cgAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCAc < 1:3172098/69‑1 (MQ=255) cgAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCAc < 1:3321490/69‑1 (MQ=255) gAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCAc < 1:1097507/68‑1 (MQ=255) aaCGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCa < 1:2053085/69‑1 (MQ=255) gCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTc < 1:2305795/57‑1 (MQ=255) gTCTATCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTc < 1:1507087/48‑1 (MQ=25) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGt > 1:1462554/1‑60 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:1412986/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:3280266/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:1454930/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:3080239/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:410887/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:1400453/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:3021388/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:54483/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:677363/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:1685279/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:1688002/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:2034562/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGaat > 1:2046910/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTAGACCGaat > 1:182287/1‑67 (MQ=255) tCGGTACGTCCATAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTAAGTTGACCGaat > 1:1736555/1‑67 (MQ=255) gATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAAccc > 1:2901747/1‑69 (MQ=255) gATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAAccc > 1:2913360/1‑69 (MQ=255) gATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAAccc > 1:2509535/1‑69 (MQ=255) gATAACCACGACCATGTCGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAAccc > 1:1010062/1‑69 (MQ=255) caTAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGAATCGGTGAAccc < 1:3338679/68‑1 (MQ=255) caTAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGAATCGGTGAAccc < 1:341012/68‑1 (MQ=255) caTAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGAATCGGTGAAccc < 1:2080330/68‑1 (MQ=255) caTAACGACGACGATGTGGACTAACCGCGAGTCGATGCACCATGCTCAGTTGACCGAATCGGTGAAccc < 1:315477/68‑1 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTa > 1:2609675/1‑61 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAAccc > 1:2764320/1‑66 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCg > 1:2480902/1‑67 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:2050279/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:896833/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:2987470/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:853984/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:766624/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:1836883/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:519192/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:1336392/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:1939249/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:2533764/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:1979293/1‑68 (MQ=255) aaCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGt > 1:1657737/1‑68 (MQ=255) acaaCGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGTTc > 1:2720635/4‑69 (MQ=255) aCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGTTc > 1:1895334/1‑69 (MQ=255) aCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGTTc > 1:1234871/1‑69 (MQ=255) aCCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGTTc > 1:1476846/1‑69 (MQ=255) | CTTTACGCGAACGCTGGCGGGGTCTATCGGCACGTCGATAACCACGACCATGTGGACCAACCGCGAGTCGATGCACCATGCGCAGTTGACTGAGTCGGTAAACCCGTTC > minE/1806989‑1807097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |