| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 137,469 | T→G | 20.5% | V28V (GTA→GTC) | yadM ← | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 137,469 | 0 | T | G | 20.5% | 187.9 / 49.4 | 117 | V28V (GTA→GTC) | yadM | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/73); new base G (11/13); total (31/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CATTCGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTG > minE/137402‑137536 | cgttCGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa < 1:107384/67‑1 (MQ=255)catTCGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa < 1:408743/69‑1 (MQ=255) atTCGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:128416/1‑68 (MQ=255) atTCGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTAc > 1:1066546/1‑69 (MQ=255) atTCGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTAc > 1:2647122/1‑69 (MQ=255) atTCGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTAc > 1:2698261/1‑69 (MQ=255) atTCGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTAc > 1:429653/1‑69 (MQ=255) atTCGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTAc > 1:64330/1‑69 (MQ=255) cGTGACGTTATTGCCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:2254913/1‑65 (MQ=255) cGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:436775/1‑65 (MQ=255) cGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:2376219/1‑65 (MQ=255) cGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:2591186/1‑65 (MQ=255) cGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:1998354/1‑65 (MQ=255) cGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:84810/1‑65 (MQ=255) cGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:2745514/1‑65 (MQ=255) cGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:3005284/1‑65 (MQ=255) cGTGACGTTATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTa > 1:3045384/1‑65 (MQ=255) attaCCAGTAAGTGTGATGTTGCAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGt > 1:2699380/1‑69 (MQ=255) attaCCAGTAAGTGTGATGTTGCAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGt > 1:1710300/1‑69 (MQ=255) 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aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 1:1345742/69‑1 (MQ=255) aGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCg < 1:2498441/58‑1 (MQ=255) aGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCg < 1:1131324/58‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCa < 1:3093264/49‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCa < 1:2065052/49‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCa < 1:908750/49‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCa < 1:1995748/49‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCa < 1:35634/49‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:349147/69‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:695231/69‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2886700/69‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2962078/69‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2509429/69‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:1972045/69‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:129521/69‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:1683116/69‑1 (MQ=255) gTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataat < 1:2397726/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1205987/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1080708/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:203971/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1394993/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1619772/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:937315/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1615784/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1202167/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1453248/69‑1 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:36002/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:3147849/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:17339/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:1509424/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:154005/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:1965081/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:2722235/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:2081026/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:57643/1‑68 (MQ=255) gTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt > 1:1193080/1‑69 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:1294528/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:1458436/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:1790956/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:1203936/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:2965373/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:2031412/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:2603347/66‑1 (MQ=255) ttGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:2582793/69‑1 (MQ=255) ttGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:620649/69‑1 (MQ=255) ttGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:1050993/69‑1 (MQ=255) ttGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:2016070/69‑1 (MQ=255) aCAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAg < 1:1770254/68‑1 (MQ=255) aCAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAg < 1:3274234/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTTCATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:1249801/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:2252145/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:762881/68‑1 (MQ=255) 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> minE/137402‑137536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |