| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 137,477 | T→C | 20.7% | I26V (ATT→GTT) | yadM ← | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 137,477 | 0 | T | C | 20.7% | 161.4 / 32.1 | 115 | I26V (ATT→GTT) | yadM | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/71); new base C (11/13); total (31/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
ATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGT > minE/137415‑137543 | aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 1:420866/69‑1 (MQ=255) aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 1:3212496/69‑1 (MQ=255) aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 1:3354866/69‑1 (MQ=255) aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 1:3408487/69‑1 (MQ=255) aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 1:1345742/69‑1 (MQ=255) aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 1:2701430/69‑1 (MQ=255) aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 1:2531649/69‑1 (MQ=255) aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 1:1278801/69‑1 (MQ=255) aGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCaaa < 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ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1615784/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1202167/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1453248/69‑1 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:36002/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:17339/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:2355059/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:2722235/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:154005/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:2081026/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:3147849/1‑68 (MQ=255) 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ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:3096564/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:2816048/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:2775755/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1676095/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:2525884/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:2322438/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAATCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1441640/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGCGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1703811/1‑69 (MQ=255) aaTATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTAt > 1:1921932/1‑48 (MQ=255) aaTATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgttgt > 1:1821416/1‑69 (MQ=255) | ATTACCAGTAAGTGTGATGTTACAGGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGT > minE/137415‑137543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |