| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,830,554 | A→G | 50.0% | S126P (TCA→CCA) | ygbI ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,830,554 | 0 | A | G | 50.0% | ‑1.0 / 95.0 | 104 | S126P (TCA→CCA) | ygbI | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/22); new base G (20/32); total (50/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TGTGCAATTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTT > minE/1830489‑1830621 | tgtgCAATTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTc < 1:1568662/69‑1 (MQ=255) gtgCAATTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTcc < 1:1470244/69‑1 (MQ=255) gtgCAATTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTcc < 1:3127902/69‑1 (MQ=255) aTTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCAtgt < 1:2269570/68‑1 (MQ=255) aTTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCAtgt < 1:2423443/68‑1 (MQ=255) aTTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCAtgt < 1:1800320/68‑1 (MQ=255) aTTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCAtgt < 1:2571043/68‑1 (MQ=255) aTTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCAtgt < 1:2383126/68‑1 (MQ=255) aTTACTGTTGTCGAGCAAGTAGTCCGCAATAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCAtgt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |