| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,830,565 | A→G | 50.8% | I122T (ATT→ACT) | ygbI ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,830,565 | 0 | A | G | 50.8% | ‑1.7 / 59.0 | 67 | I122T (ATT→ACT) | ygbI | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/14); new base G (20/14); total (39/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAACGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTG > minE/1830523‑1830629 | aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:2695364/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:977110/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:828222/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:390025/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:378320/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:3090915/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:2750711/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:2206125/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:2094056/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:1508819/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:1457322/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:1147116/69‑1 (MQ=255)aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:1420424/69‑1 (MQ=255) tAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg < 1:2077556/68‑1 (MQ=255) aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTgg > 1:2488163/1‑68 (MQ=255) aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTgg > 1:1865076/1‑68 (MQ=255) aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt > 1:883826/1‑69 (MQ=255) aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt > 1:1048544/1‑69 (MQ=255) aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt > 1:49881/1‑69 (MQ=255) 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agtGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACaa > 1:2069238/1‑69 (MQ=255) agtGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTACCGCATCCAGATAGATACaa > 1:663421/1‑69 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATGCAACtt < 1:734880/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:572598/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:2046756/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:787424/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:2392363/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:3286890/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:2862697/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:2858850/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:927512/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:930781/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:1406915/69‑1 (MQ=255) gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt < 1:145479/69‑1 (MQ=255) tgAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTg > 1:440122/1‑68 (MQ=255) tgAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTg > 1:11263/1‑68 (MQ=255) tgAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTg > 1:896322/1‑68 (MQ=255) tgAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTg > 1:1645463/1‑68 (MQ=255) | ATAACGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTG > minE/1830523‑1830629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |