| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 137,496 | G→A | 22.5% | P19P (CCC→CCT) | yadM ← | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 137,496 | 0 | G | A | 22.5% | 147.5 / 31.6 | 106 | P19P (CCC→CCT) | yadM | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/58); new base A (11/13); total (35/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGTTTTTATCATTTGACG > minE/137439‑137558 | ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:695231/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:548924/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2962078/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2886700/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:1683116/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2509429/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2505415/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:129521/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2118644/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:1972045/69‑1 (MQ=255) gTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataat < 1:2397726/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1615784/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:937315/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1619772/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:203971/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:2622919/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:412797/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:736502/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1205987/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1202167/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1394993/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1453248/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1363493/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1080708/69‑1 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:1965081/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:57643/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:2081026/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:3147849/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:17339/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:36002/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:2722235/1‑68 (MQ=255) tGTTGCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaatag > 1:154005/1‑68 (MQ=255) gTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt > 1:1193080/1‑69 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:1203936/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:1294528/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:2603347/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:2031412/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:1458436/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:2965373/66‑1 (MQ=255) gCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAtt < 1:1790956/66‑1 (MQ=255) ttGACAGTGGCTGTAAATTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:2727718/69‑1 (MQ=255) ttGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:2016070/69‑1 (MQ=255) ttGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:2582793/69‑1 (MQ=255) ttGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:1050993/69‑1 (MQ=255) ttGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:620649/69‑1 (MQ=255) tGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATc < 1:2902199/68‑1 (MQ=255) aCAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAg < 1:1770254/68‑1 (MQ=255) aCAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAg < 1:3274234/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTTCATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:1249801/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:2252145/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:3139786/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:1853288/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:762881/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:2478274/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:301913/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:354407/68‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGt < 1:3258783/68‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:3021218/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:2809841/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:777085/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:2979760/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:1261579/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:2443371/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:2312126/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:2136840/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:543667/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:686867/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:1810045/69‑1 (MQ=255) ggCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGGGATAATAATATTCCCATCAGTATCAc < 1:2746434/69‑1 (MQ=255) aaCTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTa < 1:2301480/69‑1 (MQ=255) ctACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTAtgtg > 1:2835535/1‑69 (MQ=255) ctACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTAtgtg > 1:2109422/1‑69 (MQ=255) ctACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTAtgtg > 1:1637191/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:613231/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:3096564/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1012159/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1676095/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:2775755/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:2525884/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:2322438/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAATCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1441640/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGCGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1703811/1‑69 (MQ=255) aaTATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTAt > 1:1921932/1‑48 (MQ=255) aaTATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTAtgtg > 1:1581070/1‑62 (MQ=255) aaTATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgttgt > 1:1821416/1‑69 (MQ=255) aaTATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgttgt > 1:1872682/1‑69 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:115802/43‑1 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:1593612/43‑1 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:677885/43‑1 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:3035693/43‑1 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:21419/43‑1 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:2538534/43‑1 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:2587091/43‑1 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:3007369/43‑1 (MQ=255) tACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGTTTTTATCATTTGAc > 1:322608/1‑68 (MQ=255) tACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGTTTTTATCATTTGACg > 1:1951994/1‑69 (MQ=255) tACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGTTTTTATCATTTGACg > 1:646320/1‑69 (MQ=255) tACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGTTTTTATCATTTGACg > 1:2793502/1‑69 (MQ=255) tACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGTTTTTATCATTTGACg > 1:3058567/1‑69 (MQ=255) tACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATAACTATTTTATGTGGCGTTGTTTTTATCATTTGACg > 1:1691598/1‑69 (MQ=255) | GGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGTTTTTATCATTTGACG > minE/137439‑137558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |