| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,830,994 | A→G | 34.0% | intergenic (‑65/‑101) | ygbI ← / → ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,830,994 | 0 | A | G | 34.0% | 104.0 / 79.0 | 138 | intergenic (‑65/‑101) | ygbI/ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/48); new base G (45/2); total (88/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
ATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAA > minE/1830928‑1831055 | aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacacac < 1:2473628/68‑1 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacacac < 1:3042812/68‑1 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacacac < 1:1809950/68‑1 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacacac < 1:3370955/68‑1 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacacac < 1:1608436/68‑1 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacacac < 1:160466/68‑1 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacacac < 1:1448033/68‑1 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAacacac < 1:1361996/68‑1 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAAcacaca > 1:146900/1‑69 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAAcacaca < 1:82430/69‑1 (MQ=255)aTTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAAcacaca > 1:673686/1‑69 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCGCATAAAATAACACGCAAt > 1:2683890/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:489308/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:3240048/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:2757617/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:370006/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:1674520/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:1207504/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:1567764/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:431155/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:2058554/1‑68 (MQ=255) cTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACGCAAt > 1:514740/1‑68 (MQ=255) cTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGtt < 1:426652/66‑1 (MQ=255) tATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAAtt > 1:2855472/1‑69 (MQ=255) tGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTa < 1:2281588/67‑1 (MQ=255) tGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTa < 1:337353/67‑1 (MQ=255) tGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTa < 1:653486/67‑1 (MQ=255) tGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTAt > 1:3063154/1‑68 (MQ=255) tGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTAt > 1:2710612/1‑68 (MQ=255) 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tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2937694/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:330391/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc > 1:3369828/1‑69 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:1523178/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:47413/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:138117/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2728660/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:1345233/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:1973872/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2096200/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:932957/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2288827/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:234826/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:899663/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:866127/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:1072990/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2567634/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2049256/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATCTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:3278259/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACGCTTACTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:3120502/69‑1 (MQ=255) tGCGCGGCGCAACTAACCCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:3134687/69‑1 (MQ=255) cggcgCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCAt < 1:725494/68‑1 (MQ=255) cggcgCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCAt < 1:1259751/68‑1 (MQ=255) aaCGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAg < 1:2518836/50‑1 (MQ=255) aaCGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAg < 1:2522883/50‑1 (MQ=255) aaCGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAg < 1:2989686/50‑1 (MQ=255) aaCGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCt > 1:1676957/1‑68 (MQ=255) aaCGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCt > 1:2808453/1‑68 (MQ=255) tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:355251/69‑1 (MQ=255) tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:1022803/69‑1 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:391343/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:363227/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:1829509/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:3419960/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:2359981/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:1760436/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:1729326/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGt > 1:2272317/1‑46 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACAATACCGtt > 1:2786330/1‑47 (MQ=255) aTAACATGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:671087/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATTTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2611760/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGt > 1:2376553/1‑44 (MQ=25) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATc > 1:2099887/1‑48 (MQ=25) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTc > 1:2716316/1‑65 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:912807/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2233145/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1897453/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1098141/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:786713/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2566042/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1130163/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:3106731/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1871477/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2876765/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |