| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,831,018 | A→C | 36.0% | intergenic (‑89/‑77) | ygbI ← / → ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,831,018 | 0 | A | C | 36.0% | 75.0 / 98.2 | 114 | intergenic (‑89/‑77) | ygbI/ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/48); new base C (28/13); total (53/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCA > minE/1830954‑1831072 | tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:3090532/69‑1 (MQ=255)tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:1973872/69‑1 (MQ=255)tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2096200/69‑1 (MQ=255)tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2279425/69‑1 (MQ=255)tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2288827/69‑1 (MQ=255)tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:234826/69‑1 (MQ=255)tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2567634/69‑1 (MQ=255)tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2728660/69‑1 (MQ=255)tGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAc < 1:2937694/69‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |