| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,831,027 | C→T | 44.5% | intergenic (‑98/‑68) | ygbI ← / → ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,831,027 | 0 | C | T | 44.5% | 22.3 / 72.3 | 92 | intergenic (‑98/‑68) | ygbI/ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/24); new base T (28/13); total (55/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAG > minE/1830968‑1831094 | aaCGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCt > 1:959909/1‑68 (MQ=255)aaCGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCt > 1:2808453/1‑68 (MQ=255)aaCGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCt > 1:175394/1‑68 (MQ=255)aaCGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCt > 1:1676957/1‑68 (MQ=255) tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:1022803/69‑1 (MQ=255) tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:355251/69‑1 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:1760436/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:2356693/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 1:2359981/1‑47 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGtt > 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aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1526880/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1871477/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1130163/1‑69 (MQ=255) aTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACaa < 1:28907/69‑1 (MQ=255) aTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACaa < 1:1502716/69‑1 (MQ=255) aTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACaa < 1:633313/69‑1 (MQ=255) aTGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATcaaacaa < 1:1086275/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGATTCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACaaaa > 1:1464250/1‑68 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACaaaa > 1:510619/1‑68 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:1950782/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:2878562/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat > 1:1719606/1‑69 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat > 1:1784965/1‑69 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:2484158/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:1660879/69‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2127457/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2051324/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1413835/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2408791/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2731427/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2658823/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1190144/68‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1500003/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:3384609/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:3012459/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2951066/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1971586/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2906717/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:462841/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2203001/65‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |