Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 1,831,037 | C→T | 44.4% | intergenic (‑108/‑58) | ygbI ← / → ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 1,831,037 | 0 | C | T | 44.4% | 40.2 / 115.3 | 144 | intergenic (‑108/‑58) | ygbI/ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/33); new base T (51/13); total (98/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAAC > minE/1830978‑1831102 | tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:1022803/69‑1 (MQ=255) tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:355251/69‑1 (MQ=255) aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTcac < 1:3257892/69‑1 (MQ=255) aTAACATGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:671087/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTcaca > 1:2578931/1‑68 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTc > 1:2716316/1‑65 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1130163/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2233145/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:3260102/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2566042/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1871477/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:3112321/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1526880/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2876765/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1098141/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2926780/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2933065/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:786713/1‑69 (MQ=255) aTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACaa < 1:28907/69‑1 (MQ=255) aTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACaa < 1:633313/69‑1 (MQ=255) aTGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATcaaacaa < 1:1086275/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACaaaa > 1:510619/1‑68 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat > 1:1719606/1‑69 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:1950782/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:2484158/69‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2658823/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2731427/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1413835/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2051324/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1190144/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2127457/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2408791/68‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:3012459/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1087442/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2906717/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:462841/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1500003/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2203001/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1971586/65‑1 (MQ=255) cACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAg > 1:2157790/1‑67 (MQ=255) cACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAg > 1:2960712/1‑67 (MQ=255) aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2254648/69‑1 (MQ=255) aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2230997/69‑1 (MQ=255) aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2373285/69‑1 (MQ=255) aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:1042726/69‑1 (MQ=255) aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2185173/69‑1 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:1413907/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:280161/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:1649791/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:2971143/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:2597391/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:3341260/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:2422156/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:341168/1‑68 (MQ=255) cagTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:782069/3‑68 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:485577/69‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:2696041/69‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:585218/69‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:3410014/69‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:2810711/69‑1 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGa > 1:2254534/1‑64 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATg > 1:197595/1‑66 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:933086/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:958591/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:682511/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3064547/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:531970/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3228713/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:449762/1‑69 (MQ=255) 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ttCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAAc > 1:3165219/1‑68 (MQ=255) | TCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAAC > minE/1830978‑1831102 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |