| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,831,039 | A→C | 44.5% | intergenic (‑110/‑56) | ygbI ← / → ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,831,039 | 0 | A | C | 44.5% | 21.1 / 158.6 | 144 | intergenic (‑110/‑56) | ygbI/ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/33); new base C (51/13); total (98/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGG > minE/1830978‑1831105 | tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:1022803/69‑1 (MQ=255)tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:355251/69‑1 (MQ=255) aTAACATGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:671087/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATTTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2611760/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTcaca > 1:2578931/1‑68 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTc > 1:2716316/1‑65 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2233145/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:786713/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:394123/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2926780/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1098141/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:3260102/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1871477/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1526880/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:3243821/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:3106731/1‑69 (MQ=255) aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:3211454/1‑69 (MQ=255) aTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACaa < 1:28907/69‑1 (MQ=255) aTGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATcaaacaa < 1:1086275/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACaaaa > 1:510619/1‑68 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat > 1:1719606/1‑69 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:1660879/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:2878562/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:1950782/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:2484158/69‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2731427/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2408791/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1413835/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2051324/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1190144/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2127457/68‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2390032/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1971586/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2203001/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2951066/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:3012459/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1500003/65‑1 (MQ=255) cACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAg > 1:2923825/1‑67 (MQ=255) cACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAg > 1:2157790/1‑67 (MQ=255) cACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAg > 1:2836933/1‑67 (MQ=255) cACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAg > 1:2960712/1‑67 (MQ=255) aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2230997/69‑1 (MQ=255) aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2254648/69‑1 (MQ=255) aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2373285/69‑1 (MQ=255) aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:484685/69‑1 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat > 1:2079388/1‑42 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:280161/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:3341260/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:341168/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:256822/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:1147332/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:1413907/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:1372247/1‑68 (MQ=255) ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:2170759/1‑68 (MQ=255) cagTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:782069/3‑68 (MQ=255) ttATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATg > 1:2000797/1‑68 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:2696041/69‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:585218/69‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:3410014/69‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:3413786/69‑1 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTa > 1:3058046/1‑45 (MQ=38) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGa > 1:2254534/1‑64 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1311185/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1688439/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1476261/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1581602/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:449762/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1231684/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:682511/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:933086/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:958591/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2507601/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2441234/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2377483/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:279164/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1792964/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2203540/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2282404/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:848608/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1089646/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:631766/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:526355/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:903843/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2340132/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:123392/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2837784/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1779261/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3316121/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3284355/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2602310/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1005983/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:324362/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3069736/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1719952/1‑69 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa > 1:2521247/1‑68 (MQ=255) aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:1058178/68‑1 (MQ=255) ttCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAAc > 1:3165219/1‑68 (MQ=255) aGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACggg < 1:2681257/67‑1 (MQ=255) aGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACggg < 1:465044/67‑1 (MQ=255) aGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACggg < 1:177665/67‑1 (MQ=255) | TCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGG > minE/1830978‑1831105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |