| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,831,056 | T→C | 25.1% | intergenic (‑127/‑39) | ygbI ← / → ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,831,056 | 0 | T | C | 25.1% | 172.0 / 56.2 | 147 | intergenic (‑127/‑39) | ygbI/ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/60); new base C (26/11); total (76/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-02 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
ATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTC > minE/1830997‑1831121 | aTGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATcaaacaa < 1:1086275/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGATTCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACaaaa > 1:1464250/1‑68 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACaaaa > 1:510619/1‑68 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat > 1:1719606/1‑69 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:2878562/69‑1 (MQ=255) ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:1660879/69‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2658823/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1190144/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2408791/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2051324/68‑1 (MQ=255) tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1413835/68‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1971586/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2906717/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2951066/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:3012459/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:462841/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1500003/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2247509/65‑1 (MQ=255) ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1087442/65‑1 (MQ=255) 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tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:585218/69‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:2810711/69‑1 (MQ=255) tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:2696041/69‑1 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTa > 1:3058046/1‑45 (MQ=38) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGa > 1:2254534/1‑64 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATg > 1:197595/1‑66 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2507601/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:958591/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:279164/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3064547/1‑69 (MQ=255) aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 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minE/1830997‑1831121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |