| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 137,499 | T→C | 20.9% | S18S (TCA→TCG) | yadM ← | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 137,499 | 0 | T | C | 20.9% | 163.9 / 33.7 | 120 | S18S (TCA→TCG) | yadM | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/71); new base C (12/13); total (35/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-02 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GGTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCGTTGTTTTTATCATTTGACGTCCCTTGT > minE/137439‑137566 | ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2118644/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:1972045/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2505415/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2886700/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:2962078/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:695231/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:1683116/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:129521/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:349147/69‑1 (MQ=255)ggTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataa < 1:548924/69‑1 (MQ=255) gTTGTCGCTTTGACAGTGGCTGTAAACTCTACATTAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGataataat < 1:2397726/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:937315/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1619772/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:412797/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1394993/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1453248/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1080708/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:1363493/69‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTCACGGTAGCGGTAAAATCGACATTAACATCCGTTGCAAATACCGAAGGCGataacaata < 1:736502/69‑1 (MQ=255) 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ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:2322438/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:2525884/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:3096564/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1676095/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATAATCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1441640/1‑69 (MQ=255) ttAATATCCGTTGCAAATACTGAGGGCGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgtt > 1:1703811/1‑69 (MQ=255) aaTATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTAt > 1:1921932/1‑48 (MQ=255) aaTATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTAtgtg > 1:1581070/1‑62 (MQ=255) aaTATCCGTTGCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTATTTTATGTGGCgttgt > 1:1872682/1‑69 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:3007369/43‑1 (MQ=255) gCAAATACTGAGGGTGATAATAATATTCCCATCAGTATCACTa < 1:2538534/43‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |