| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,833,650 | A→T | 48.5% | G131G (GGA→GGT) | ygbL → | predicted class II aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,833,650 | 0 | A | T | 48.5% | 3.1 / 126.7 | 103 | G131G (GGA→GGT) | ygbL | predicted class II aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/12); new base T (27/23); total (68/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACT > minE/1833598‑1833715 | aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTg > 1:2012609/1‑68 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:1005487/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:1778365/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:2413124/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:2570212/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:3376086/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:1340701/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:1273327/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:2920044/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:1217105/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:1116314/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:3166675/1‑69 (MQ=255)aCAGCAATAACGTTATTCGGCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGAT‑GGTAATGTCCCGCTGGTGc > 1:1245140/1‑68 (MQ=255) cagcagCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGc > 1:1378116/1‑68 (MQ=255) cagcagCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGc > 1:2688603/1‑68 (MQ=255) cagcagCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGc > 1:391886/1‑68 (MQ=255) cagcagCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGc > 1:2803514/1‑68 (MQ=255) cagcagCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGc > 1:2748745/1‑68 (MQ=255) cagcagCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGc > 1:3083613/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |