| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,833,668 | T→C | 39.1% | P137P (CCT→CCC) | ygbL → | predicted class II aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,833,668 | 0 | T | C | 39.1% | 45.3 / 66.1 | 97 | P137P (CCT→CCC) | ygbL | predicted class II aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/11); new base C (13/25); total (61/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
CGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACTGGCAGCA > minE/1833619‑1833722 | cGTTCAGACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATa > 1:436975/1‑69 (MQ=255)cGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATa > 1:2689787/1‑69 (MQ=255)cGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATa > 1:2899340/1‑69 (MQ=255)cGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATa > 1:1628626/1‑69 (MQ=255)cGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGAACGGGCGATa > 1:2075661/1‑69 (MQ=255) ttCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATaaa > 1:1946851/1‑69 (MQ=255) ttCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATaaa > 1:2085672/1‑69 (MQ=255) ttCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATaaa > 1:730949/1‑69 (MQ=255) ttCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATaaa > 1:1606307/1‑69 (MQ=255) ttCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACAGACCGGGCGATaaa > 1:370054/1‑69 (MQ=255) cacaCCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACg > 1:2134047/1‑69 (MQ=255) cacaCCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACg > 1:780842/1‑69 (MQ=255) ccATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCt < 1:1066200/42‑1 (MQ=255) cATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCg > 1:1178282/1‑69 (MQ=255) cATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCg > 1:1044555/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGcaca > 1:2502022/1‑67 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:603922/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:1959432/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:507263/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:2482495/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:3123113/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:1210791/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:2763480/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:1588837/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:3065918/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:1399063/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAgg > 1:1398262/1‑69 (MQ=255) tggtgATGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAg > 1:1949111/1‑68 (MQ=255) ggtgATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGa < 1:2998359/69‑1 (MQ=255) ggtgATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGa < 1:235563/69‑1 (MQ=255) 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aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:2948463/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:2870116/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:82663/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:940615/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:3018022/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:3170402/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:917530/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:1023582/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:543673/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:571715/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:907964/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:844914/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:818037/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:2684289/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:1671454/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:1779318/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:190998/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:2307392/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:1200039/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:2417333/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:2583651/69‑1 (MQ=255) aTGCGGATGGGTAATGTCCCGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:2688070/69‑1 (MQ=255) gCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTgg > 1:2302006/1‑68 (MQ=255) gCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTgg > 1:2720879/1‑68 (MQ=255) gggAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:1306042/1‑69 (MQ=255) gggAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:1446454/1‑69 (MQ=255) gggAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:2670489/1‑69 (MQ=255) gggAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:149303/1‑69 (MQ=255) gggAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:3088517/1‑69 (MQ=255) gAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:2133073/1‑67 (MQ=255) gAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:3356175/1‑67 (MQ=255) gAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:1270537/1‑67 (MQ=255) gAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:3095188/1‑67 (MQ=255) gAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:835828/1‑67 (MQ=255) gAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:3025285/1‑67 (MQ=255) gAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACt > 1:246616/1‑67 (MQ=255) aTGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCgg > 1:1936899/1‑60 (MQ=255) aTGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCgg > 1:895283/1‑60 (MQ=255) aTGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCgg > 1:38812/1‑60 (MQ=255) aTGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCgg > 1:2140519/1‑60 (MQ=255) aTGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCgg > 1:2571575/1‑60 (MQ=255) 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(MQ=255) tCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACTGgcagca > 1:2371216/1‑68 (MQ=255) tCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACTGgcagca > 1:2376262/1‑68 (MQ=255) tCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACTGgcagca > 1:2784370/1‑68 (MQ=255) tCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGAACAGGATCTGGCGGAACTGgcagca > 1:34643/1‑68 (MQ=255) ccGCTGGTGCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:2591649/51‑1 (MQ=255) gCCCTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTg < 1:611111/43‑1 (MQ=255) | CGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACTGGCAGCA > minE/1833619‑1833722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |