| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 139,690 | T→C | 19.0% | K159K (AAA→AAG) | htrE ← | predicted outer membrane usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 139,690 | 0 | T | C | 19.0% | 181.8 / 30.0 | 120 | K159K (AAA→AAG) | htrE | predicted outer membrane usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/35); new base C (10/13); total (72/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAA > minE/139623‑139756 | tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCTATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:315141/1‑68 (MQ=255)tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:2914312/1‑68 (MQ=255)tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:3052464/1‑68 (MQ=255)tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:1544995/1‑68 (MQ=255)tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:3391470/1‑68 (MQ=255)tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:1305616/1‑68 (MQ=255)tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:350607/1‑68 (MQ=255)tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:1731102/1‑68 (MQ=255)tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:1100433/1‑68 (MQ=255)tGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAAttt > 1:2527079/1‑68 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:2823959/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:2907534/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:2946808/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1905314/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:268126/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1706373/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1677882/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1624846/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa < 1:2070033/69‑1 (MQ=255) 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aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:90514/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:1627833/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:126543/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:1027762/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:2285136/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:2376289/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:62521/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:2443457/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:2611467/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:1071774/1‑69 (MQ=255) ccGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTc > 1:933159/1‑68 (MQ=255) tAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg < 1:1644478/69‑1 (MQ=255) tAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg < 1:2359837/69‑1 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCa > 1:2778558/1‑63 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:871359/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3239482/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2285845/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3056430/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt < 1:2229606/69‑1 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1816690/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1603957/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1529896/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1340056/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1346478/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1947245/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:1158495/1‑68 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1818288/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1932299/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2649183/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1512616/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:3380809/68‑1 (MQ=255) aTGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1424009/67‑1 (MQ=255) aTGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1819848/67‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:3286438/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:60607/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2964844/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:661862/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:78405/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2245822/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2216036/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATc > 1:1038818/1‑68 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATc > 1:138425/1‑68 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg > 1:1881248/1‑59 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:2715569/68‑1 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:811234/68‑1 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:78475/68‑1 (MQ=255) cAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:1273878/67‑1 (MQ=255) aCATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1129147/59‑1 (MQ=255) aTAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACg > 1:756191/1‑67 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTATCGTCAt < 1:442784/69‑1 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCAt < 1:2103968/69‑1 (MQ=255) 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TGTATGACAACATGGCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAA > minE/139623‑139756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |