| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,862,621 | T→G | 53.9% | A161A (GCT→GCG) | ygcN → | predicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,862,621 | 0 | T | G | 53.9% | 13.2 / 50.2 | 52 | A161A (GCT→GCG) | ygcN | predicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/18); new base G (11/17); total (17/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
TTGTGGTGACGATATTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCGTTGGGGATCA > minE/1862555‑1862676 | ttGTGGTGACGATATTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTg < 1:3275421/68‑1 (MQ=255)ttGTGGTGACGATATTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTg < 1:233863/68‑1 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:3180566/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:1130323/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:411797/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:2025698/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:34689/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:1851630/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:2832311/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:47596/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:518745/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:300835/1‑69 (MQ=255) gACGATATTCTTCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTCCCAACAGCGTCCTGGCGGAACGCCAc > 1:3306068/1‑69 (MQ=255) aCGATATTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCAc > 1:2020098/1‑68 (MQ=255) aCGATATTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACg > 1:1260418/1‑69 (MQ=255) tatTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTTCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGtt < 1:2251109/69‑1 (MQ=255) tatTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGtt < 1:3185280/69‑1 (MQ=255) tatTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGtt < 1:3308624/69‑1 (MQ=255) tatTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGtt < 1:3227736/69‑1 (MQ=255) tatTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGtt < 1:202399/69‑1 (MQ=255) tatTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGtt < 1:422081/69‑1 (MQ=255) tatTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGtt < 1:668484/69‑1 (MQ=255) tatTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGtt < 1:890137/69‑1 (MQ=255) aTGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCctgctg > 1:3038520/1‑69 (MQ=255) gCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGc < 1:2161446/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGc < 1:1938974/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGc < 1:1828195/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGc < 1:2859072/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGc < 1:2929580/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGc < 1:3212437/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGc < 1:1126123/69‑1 (MQ=255) ggTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGaa > 1:1709442/1‑57 (MQ=255) ggTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCGTTg > 1:943649/1‑69 (MQ=255) ggTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCGTTg > 1:2462037/1‑69 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGTATCa < 1:2622979/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:1267467/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:318690/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:1345056/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:78140/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:1560701/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:1687294/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:518251/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:490025/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:1702242/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:1784578/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:2485553/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:2685995/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:328103/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:2717702/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:291265/69‑1 (MQ=255) aCAGCGTCCTGGCGGAACGCCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCATTGGGGATCa < 1:3001737/69‑1 (MQ=255) gTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGc < 1:392250/47‑1 (MQ=255) | TTGTGGTGACGATATTCTCCGCGCCCGTTATGTGGTGCTGGCAGAAGGTGCCAACAGCGTCCTGGCTGAACGTCACGGGTTAGTGACTCGTCCTGCTGGCGAAGCGATGGCGTTGGGGATCA > minE/1862555‑1862676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |