| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 139,698 | C→T | 17.6% | V157I (GTA→ATA) ‡ | htrE ← | predicted outer membrane usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 139,698 | 0 | C | T | 17.6% | 211.5 / 27.4 | 129 | V157I (GTA→ATA) ‡ | htrE | predicted outer membrane usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/44); new base T (10/13); total (72/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGG > minE/139637‑139765 | gCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGc > 1:2432812/1‑68 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1180834/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:2823959/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:2946808/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:2347335/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:3298814/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1213071/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:36701/1‑69 (MQ=255) ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa < 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aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:2611467/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:2443457/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:3224452/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:2285136/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:126543/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:62521/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:1071774/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:1627833/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:1027762/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:90514/1‑69 (MQ=255) gCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTCGAGGAACGTc < 1:1053444/69‑1 (MQ=255) ccGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTc > 1:933159/1‑68 (MQ=255) tAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg < 1:2359837/69‑1 (MQ=255) tAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg < 1:1644478/69‑1 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCa > 1:1352630/1‑63 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1346478/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1603957/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt < 1:2229606/69‑1 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2221525/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2900362/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2052282/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1340056/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1947245/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3056430/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3239482/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3416418/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:871359/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:2103966/1‑68 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:1158495/1‑68 (MQ=255) aCGATGGATAAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:2943867/1‑68 (MQ=255) 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ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:78405/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2216036/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:60607/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2654917/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2245822/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:3301159/65‑1 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg > 1:1881248/1‑59 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg > 1:1737039/1‑59 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:2715569/68‑1 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:78475/68‑1 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:811234/68‑1 (MQ=255) cAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:1273878/67‑1 (MQ=255) aCATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1129147/59‑1 (MQ=255) aTAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACg > 1:756191/1‑67 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTATCGTCAt < 1:442784/69‑1 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCAt < 1:467084/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGTGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:749256/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1607980/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:3185350/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2716367/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2508012/69‑1 (MQ=255) 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GCCGCATTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGG > minE/139637‑139765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |