| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,869,681 | A→G | 23.9% | G25G (GGT→GGC) | ygcW ← | predicted deoxygluconate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,869,681 | 0 | A | G | 23.9% | 156.3 / 44.0 | 125 | G25G (GGT→GGC) | ygcW | predicted deoxygluconate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/65); new base G (8/22); total (38/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
AAGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGTTTTACCTTTCAGGGAGAAAAAATCCATTGAGAACGCATTGAGAGATTC > minE/1869619‑1869746 | aaGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGGCTAAACCGCTATTCCCACCGGt > 1:116834/1‑68 (MQ=255)aaGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCgg > 1:1825929/1‑67 (MQ=255)aaGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGt > 1:96967/1‑68 (MQ=255)aaGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGt > 1:2922858/1‑68 (MQ=255)aaGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGt > 1:2782066/1‑68 (MQ=255)aaGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGt > 1:393880/1‑68 (MQ=255)aaGATATTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACAGCTATTCCCACCGGt > 1:638579/1‑68 (MQ=255) atTTGCGCCAGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAAt > 1:1522154/1‑69 (MQ=255) aGCTTTGGCCAACGCCATGGCAAATGCCTGGCCTAAACCGCTATTCCCACCGGTAACAATTGCGGttt < 1:276526/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |