| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 139,705 | T→C | 16.7% | Q154Q (CAA→CAG) | htrE ← | predicted outer membrane usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 139,705 | 0 | T | C | 16.7% | 224.0 / 28.0 | 136 | Q154Q (CAA→CAG) | htrE | predicted outer membrane usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/44); new base C (10/13); total (79/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTT > minE/139643‑139772 | ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:2946808/1‑69 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1706373/1‑69 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1905314/1‑69 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa < 1:2070033/69‑1 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:2232853/1‑69 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:268126/1‑69 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:2823959/1‑69 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1281586/1‑69 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:3298814/1‑69 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa < 1:100206/69‑1 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:36701/1‑69 (MQ=255)ttAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGa > 1:1180834/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTg > 1:2939106/1‑63 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGaa > 1:3014777/1‑68 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:1071774/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:90514/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:1627833/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:654654/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAAc > 1:2285136/1‑69 (MQ=255) 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aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2221525/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3056430/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2052282/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1947245/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3239482/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:2103966/1‑68 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:1158495/1‑68 (MQ=255) aCGATGGATAAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:2943867/1‑68 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2735954/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1932299/68‑1 (MQ=255) 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1:1737039/1‑59 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg > 1:1881248/1‑59 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg > 1:778831/1‑59 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:78475/68‑1 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:811234/68‑1 (MQ=255) aTAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACg > 1:756191/1‑67 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTATCGTCAt < 1:442784/69‑1 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCAt < 1:2103968/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGTGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:749256/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1542301/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1157484/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2716367/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1444888/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:3377166/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:205781/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1022105/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCATCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2322446/69‑1 (MQ=255) ttttGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2030272/68‑1 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:558154/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:3187997/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:3082853/2‑68 (MQ=255) 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aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1861666/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1713788/69‑1 (MQ=255) ggCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATa > 1:2675347/1‑67 (MQ=255) ggCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAt > 1:1825668/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2977560/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:274251/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2601714/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2467767/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:1611192/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2161066/1‑69 (MQ=255) | TTAATGCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTT > minE/139643‑139772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |