| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,882,510 | T→C | 39.6% | P208P (CCA→CCG) | relA ← | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,882,510 | 0 | T | C | 39.6% | 40.7 / 66.9 | 96 | P208P (CCA→CCG) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/23); new base C (17/21); total (52/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CTTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGATTCCGAGACGGTTA > minE/1882443‑1882576 | ctTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTtg < 1:2942334/69‑1 (MQ=255)ctTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTtg < 1:257554/69‑1 (MQ=255)ctTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTtg < 1:2285505/69‑1 (MQ=255)ctTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTtg < 1:1227256/69‑1 (MQ=255)ctTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTtg < 1:572079/69‑1 (MQ=255)ctTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTtg < 1:203926/69‑1 (MQ=255)ctTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTtg < 1:1587166/69‑1 (MQ=255) tAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAg > 1:95214/1‑68 (MQ=255) ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:3058751/1‑68 (MQ=255) ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:303488/1‑68 (MQ=255) ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:2492542/1‑68 (MQ=255) ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:490955/1‑68 (MQ=255) ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:587110/1‑68 (MQ=255) ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:2099099/1‑68 (MQ=255) ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:1015467/1‑68 (MQ=255) ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:1232638/1‑68 (MQ=255) cGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGt > 1:1149590/1‑69 (MQ=255) cGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGt > 1:718776/1‑69 (MQ=255) cGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGt > 1:2202785/1‑69 (MQ=255) gagaCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGTCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTa < 1:3299596/69‑1 (MQ=255) gagaCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTa < 1:727243/69‑1 (MQ=255) gagaCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTa < 1:1889420/69‑1 (MQ=255) gaCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTaa < 1:111208/68‑1 (MQ=255) aCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTaa < 1:704680/67‑1 (MQ=255) ttCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAg < 1:130944/69‑1 (MQ=255) cATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTtgga > 1:2985487/1‑38 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:1214323/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:2261358/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:2380264/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:1940723/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:3377752/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:1388132/1‑69 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:2720051/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3378177/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3425352/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:1158111/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:932736/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3250587/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:82555/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:1737417/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:1752842/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:814666/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3357433/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:608927/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:2043337/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:1816819/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3325428/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:676439/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:2676234/69‑1 (MQ=255) gCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGt > 1:2763577/1‑69 (MQ=255) gCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGt > 1:1259529/1‑69 (MQ=255) gCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGt > 1:2573965/1‑69 (MQ=255) gCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTACAGTTCCCATTTCAGTTg > 1:2082731/1‑68 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:835142/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1852271/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1777407/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1704036/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1578250/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:738331/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:2975917/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1441499/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:3089432/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1417097/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGAtt > 1:630237/1‑69 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGAt > 1:1879769/1‑68 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATATTcc > 1:250476/1‑45 (MQ=255) ttGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGATTcc < 1:902205/68‑1 (MQ=255) ttGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGATTcc < 1:1009684/68‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:2987386/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:866920/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1288670/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1329220/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1646705/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1938936/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 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cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:1057763/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:3080652/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:902143/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:3150077/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2765971/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:13652/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2582755/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:68216/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2497943/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2081028/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |