| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 139,714 | G→A | 22.0% | D151D (GAC→GAT) | htrE ← | predicted outer membrane usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 139,714 | 0 | G | A | 22.0% | 146.4 / 30.4 | 104 | D151D (GAC→GAT) | htrE | predicted outer membrane usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/42); new base A (10/13); total (49/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAA > minE/139648‑139780 | gCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTCGAGGAACGTc < 1:1053444/69‑1 (MQ=255) ccGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTc > 1:1623578/1‑68 (MQ=255) tAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg < 1:1648354/69‑1 (MQ=255) tAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg < 1:2359837/69‑1 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCa > 1:1352630/1‑63 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCa > 1:2778558/1‑63 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt < 1:2229606/69‑1 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1603957/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1816690/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1947245/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2052282/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2221525/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2285845/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:2900362/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3056430/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3239482/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:3416418/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:871359/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1529896/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1346478/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGtt > 1:1340056/1‑69 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:2103966/1‑68 (MQ=255) aCGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:1158495/1‑68 (MQ=255) aCGATGGATAAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGt > 1:2943867/1‑68 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2735954/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:3380809/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1932299/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1930711/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1512616/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1818288/68‑1 (MQ=255) gATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2649183/68‑1 (MQ=255) aTGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1819848/67‑1 (MQ=255) aTGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1424009/67‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:3035118/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:661862/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2964844/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2654917/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:60607/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:2216036/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:3286438/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:3301159/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:78405/65‑1 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATc > 1:1038818/1‑68 (MQ=255) ggATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATc > 1:138425/1‑68 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg > 1:1881248/1‑59 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg > 1:778831/1‑59 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACg > 1:1737039/1‑59 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:2715569/68‑1 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:811234/68‑1 (MQ=255) tCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:78475/68‑1 (MQ=255) cAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGtt < 1:1273878/67‑1 (MQ=255) aCATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTg < 1:1129147/59‑1 (MQ=255) aTAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACg > 1:756191/1‑67 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTATCGTCAt < 1:442784/69‑1 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCAt < 1:2103968/69‑1 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCAt < 1:467084/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGTGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:749256/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1157484/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:3185350/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2716367/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1022105/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:3377166/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1542301/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2508012/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1607980/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1444888/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:205781/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCATCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2322446/69‑1 (MQ=255) ttttGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2030272/68‑1 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:558154/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2141195/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:3187997/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:3082853/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2063249/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2365083/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2474370/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2896663/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:866857/2‑68 (MQ=255) ttttCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGaa < 1:1530033/68‑1 (MQ=255) ttttCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGaa < 1:2434839/68‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1014071/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1256283/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1226880/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1713788/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:717558/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:2028433/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1861666/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:559956/69‑1 (MQ=255) ggCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATa > 1:2675347/1‑67 (MQ=255) ggCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAt > 1:1825668/1‑69 (MQ=255) ggCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAt > 1:1346114/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2467767/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2977560/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:1611192/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:274251/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2601714/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2161066/1‑69 (MQ=255) aGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTcc > 1:1960478/1‑67 (MQ=255) aGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTcc > 1:418844/1‑67 (MQ=255) cGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCaaa > 1:2720893/1‑68 (MQ=255) | GCCGTTTTCCCATAACGATGGATCAACATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAA > minE/139648‑139780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |