| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,882,519 | G→A | 38.7% | Y205Y (TAC→TAT) | relA ← | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,882,519 | 0 | G | A | 38.7% | 53.6 / 63.6 | 98 | Y205Y (TAC→TAT) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/26); new base A (17/21); total (51/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGATTCCGAGACGGTTAGCCAGCGG > minE/1882456‑1882584 | ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:303488/1‑68 (MQ=255)ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:1015467/1‑68 (MQ=255)ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:3058751/1‑68 (MQ=255)ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:2492542/1‑68 (MQ=255)ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:1232638/1‑68 (MQ=255)ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:587110/1‑68 (MQ=255)ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:2099099/1‑68 (MQ=255)ttCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAAc > 1:490955/1‑68 (MQ=255) cGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGt > 1:1149590/1‑69 (MQ=255) cGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGt > 1:718776/1‑69 (MQ=255) cGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGt > 1:2202785/1‑69 (MQ=255) gagaCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGTCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTa < 1:3299596/69‑1 (MQ=255) gagaCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTa < 1:727243/69‑1 (MQ=255) gagaCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTa < 1:1889420/69‑1 (MQ=255) gaCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTaa < 1:111208/68‑1 (MQ=255) aCGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTaa < 1:704680/67‑1 (MQ=255) ttCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAg < 1:130944/69‑1 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:2261358/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:2380264/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:3377752/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:1940723/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:1214323/1‑69 (MQ=255) cagcagTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCa > 1:1388132/1‑69 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:814666/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:969835/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:2906138/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:932736/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:2720051/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:2676234/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3250587/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:1158111/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3325428/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3357433/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3378177/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:82555/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:3425352/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:41924/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:1737417/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:2043337/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:1752842/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:608927/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:676439/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:1816819/69‑1 (MQ=255) agTTTTGCGATGCGTTTGTATTCGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTc < 1:1582224/69‑1 (MQ=255) gCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGt > 1:1259529/1‑69 (MQ=255) gCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGt > 1:2763577/1‑69 (MQ=255) gCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGt > 1:2573965/1‑69 (MQ=255) gCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTACAGTTCCCATTTCAGTTg > 1:2082731/1‑68 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1578250/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:2975917/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1777407/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:3089432/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1852271/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:738331/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:835142/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1704036/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1441499/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTcc > 1:1417097/1‑45 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGAtt > 1:630237/1‑69 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGAt > 1:1879769/1‑68 (MQ=255) cGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATATTcc > 1:250476/1‑45 (MQ=255) ttGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGATTcc < 1:902205/68‑1 (MQ=255) ttGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGATTcc < 1:1009684/68‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1288670/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:2197147/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:368475/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:34957/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1646705/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:3418686/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:2987386/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:500972/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1329220/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:3304265/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:866920/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:2624758/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1938936/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:2014901/54‑1 (MQ=255) tGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1942913/54‑1 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTgcc > 1:1533228/1‑52 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACgg > 1:2009878/1‑68 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2130704/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:13652/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:902143/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:1057763/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:101507/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:68216/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2081028/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2250463/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2384745/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2391988/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2497943/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2582755/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:3150077/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:2765971/1‑69 (MQ=255) cGGTCGGGTGCAGATAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGCTCCCATTTCAGTTGCCCAATCCCAAGACGGt > 1:3080652/1‑69 (MQ=255) ttGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGATTCCGAGACGGTTa < 1:2800472/68‑1 (MQ=255) gaGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGATTCCGAGACGGTTAGCCAGCgg < 1:3414339/69‑1 (MQ=255) aGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCa < 1:1984371/37‑1 (MQ=255) | TTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTTTGGCAATTCGTTTGTATTCGGTTGGATGGAGGTAACGGAAGCAGTAATCTTCCAGTTCCCATTTCAGTTGTCCGATTCCGAGACGGTTAGCCAGCGG > minE/1882456‑1882584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |