| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 139,741 | G→A | 31.8% | D142D (GAC→GAT) | htrE ← | predicted outer membrane usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 139,741 | 0 | G | A | 31.8% | 63.2 / 34.3 | 72 | D142D (GAC→GAT) | htrE | predicted outer membrane usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/30); new base A (10/13); total (29/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
ATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGTTTCATC > minE/139675‑139806 | aTAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACg > 1:756191/1‑67 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTATCGTCAt < 1:442784/69‑1 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCAt < 1:2103968/69‑1 (MQ=255) aGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCAt < 1:467084/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGTGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:749256/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1022105/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1157484/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:3377166/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:205781/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:3185350/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1444888/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2508012/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1542301/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:1607980/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2716367/69‑1 (MQ=255) gTTTTGATAATTCATCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2322446/69‑1 (MQ=255) ttttGATAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTa < 1:2030272/68‑1 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:3069268/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2896663/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:3082853/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2474370/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:558154/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:3187997/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2063249/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:866857/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2141195/2‑68 (MQ=255) atAATTCTTCATAATCCATGCCTGGGGGACATCGATATCCAGGCGTTGATCGTTAACATCGTAACGaa > 1:2365083/2‑68 (MQ=255) ttttCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGaa < 1:1530033/68‑1 (MQ=255) ttttCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGaa < 1:2434839/68‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1014071/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:559956/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1226880/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1713788/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1256283/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:2028433/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:1861666/69‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAggg < 1:717558/69‑1 (MQ=255) ggCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATa > 1:2675347/1‑67 (MQ=255) ggCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAt > 1:1825668/1‑69 (MQ=255) ggCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAt > 1:1346114/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2467767/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:1611192/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2601714/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2161066/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:2977560/1‑69 (MQ=255) cTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAAttt > 1:274251/1‑69 (MQ=255) aGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTcc > 1:1960478/1‑67 (MQ=255) aGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTcc > 1:418844/1‑67 (MQ=255) cGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCaaa > 1:2720893/1‑68 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGa > 1:2915543/1‑42 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGa > 1:1837057/1‑42 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGa > 1:2769694/1‑42 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGc < 1:2234409/67‑1 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGc < 1:2666753/67‑1 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGc < 1:1908415/67‑1 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGc < 1:603641/67‑1 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGc < 1:2394969/67‑1 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGc < 1:1188330/67‑1 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGc < 1:2289047/67‑1 (MQ=255) tCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCa < 1:2570652/68‑1 (MQ=255) gATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCg < 1:2426080/69‑1 (MQ=255) gATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCg > 1:315023/1‑69 (MQ=255) gATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCg < 1:222296/69‑1 (MQ=255) gATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCg < 1:1988688/69‑1 (MQ=255) gATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCg > 1:1537568/1‑69 (MQ=255) ctttAACGTCATAACGAACAGAAGCCTTAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGtt < 1:1306890/66‑1 (MQ=255) aaCGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGTTTCATc < 1:384292/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGTTTCATc < 1:32139/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGTTTCATc > 1:552636/1‑69 (MQ=255) aaCGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGTTTCATc < 1:246150/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGTTTCATc < 1:121720/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGTTTCATc < 1:1034305/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGTTTCATc > 1:941436/1‑69 (MQ=255) | ATAGTTTTGGTAATTTTTCATTACCCAGGCTTGAGGAACGTCTATATCCAGACGTTGATCGTTAACGTCATAACGAACAGAAGCCTGAGGGATAATTTCCGTCAAATTGAGGCAATTGCCGAGCGTTTCATC > minE/139675‑139806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |