| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,900,215 | T→C | 58.2% | P942P (CCA→CCG) | recB ← | exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,900,215 | 0 | T | C | 58.2% | 18.7 / 37.4 | 55 | P942P (CCA→CCG) | recB | exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/10); new base C (16/16); total (29/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAACAAACTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTGCAGCATCGACATCCAGCCGAGGCA > minE/1900163‑1900279 | caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGtt > 1:922981/1‑59 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGtt < 1:1951727/59‑1 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGtt > 1:2543667/1‑59 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGtt < 1:1216400/59‑1 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGtt > 1:1241833/1‑59 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGtt > 1:1583831/1‑59 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGtt > 1:1357945/1‑59 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGtt > 1:1380708/1‑59 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGtt > 1:1437660/1‑69 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGtt > 1:2815900/1‑69 (MQ=255)caaacaaaCTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGtt > 1:1426641/1‑69 (MQ=255)caaacaaaCTGTCCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCTCGGAAACTGATGTTGTGtt > 1:3118281/1‑59 (MQ=255) aacaaacTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGttc < 1:109815/68‑1 (MQ=255) gtgCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAacgac < 1:3152798/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:568475/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:1054920/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:3327490/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:3262107/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:58163/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:2973542/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:2956150/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:672336/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:769947/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:2505822/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:1536181/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:1606859/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:1633341/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:2073857/69‑1 (MQ=255) cAAGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGATGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:43738/69‑1 (MQ=255) aaGAATGTCCCTGGTGACGCACCGCGCGGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCt < 1:2346619/68‑1 (MQ=255) aCGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTgcagca > 1:2184604/1‑68 (MQ=255) aCGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTgcagca > 1:1508425/1‑68 (MQ=255) aCGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTgcagca > 1:2533001/1‑68 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTACCGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTgcg > 1:1285162/1‑54 (MQ=25) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAacgac > 1:2559048/1‑39 (MQ=38) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGCCCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:2922366/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCa > 1:169100/1‑68 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCa > 1:1105764/1‑68 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCa > 1:1255183/1‑68 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:2744358/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:1035570/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:598163/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:136846/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:24173/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:3422906/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:2501579/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:2048784/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:2584546/1‑69 (MQ=255) cgGGAACTGATGCGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGACCACGCCTGCGGCATCAACATCCAg > 1:2697957/1‑69 (MQ=255) gAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTGCAGCATCGACATCCAGcc < 1:2202863/69‑1 (MQ=255) gAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTGCAGCATCGACATCCAGcc < 1:1649522/69‑1 (MQ=255) gATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTGCAGCATCGACATCCAGCCGAGGCa < 1:1448403/69‑1 (MQ=255) gATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTGCAGCATCGACATCCAGCCGAGGCa < 1:1697741/69‑1 (MQ=255) gATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTGCAGCATCGACATCCAGCCGAGGCa < 1:643528/69‑1 (MQ=255) gATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTGCAGCATCGACATCCAGCCGAGGCa < 1:2722752/69‑1 (MQ=255) | CAAACAAACTGTGCAAGAACGTCCCCGGTGACGCACCGCGCGGAAACTGATGTGGTGTTAACGTCGGTTCTTCAACGACGCTGGCAACGCCTGCAGCATCGACATCCAGCCGAGGCA > minE/1900163‑1900279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |