| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,906,192 | T→G | 36.4% | R1092R (AGG→CGG) | recC ← | exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,906,192 | 0 | T | G | 36.4% | 40.6 / 54.2 | 66 | R1092R (AGG→CGG) | recC | exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/14); new base G (10/14); total (38/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCG > minE/1906126‑1906260 | aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:542087/69‑1 (MQ=255)aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:1692669/69‑1 (MQ=255)aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:2907505/69‑1 (MQ=255)aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:1669800/69‑1 (MQ=255)aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:1226223/69‑1 (MQ=255)aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:1238315/69‑1 (MQ=255)aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:1943901/69‑1 (MQ=255)aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:2997474/69‑1 (MQ=255)aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:1393639/69‑1 (MQ=255)aCAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:1424870/69‑1 (MQ=255) cAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:643577/68‑1 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGa > 1:1339864/1‑65 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:367476/1‑66 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:2304403/1‑66 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:3398039/1‑66 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:2508436/1‑66 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:3370204/1‑66 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:3004563/1‑66 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:1195120/1‑66 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:3240692/1‑66 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:305014/1‑66 (MQ=255) aaCGTTGCGACTGTTAAACGATGGACTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGa > 1:188020/1‑65 (MQ=255) aCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGa > 1:1688869/1‑64 (MQ=255) aCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:2118390/1‑65 (MQ=255) aCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:1811779/1‑65 (MQ=255) aCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:242563/1‑65 (MQ=255) aCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:788739/1‑65 (MQ=255) aCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:2953839/1‑65 (MQ=255) aCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:1026188/1‑65 (MQ=255) aCGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGAt > 1:2722946/1‑65 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:2298569/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:2986598/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:2531441/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:2288769/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:3037191/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:3160827/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:796417/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:791334/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:3230061/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:192350/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:1290108/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:1294490/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:1572420/63‑1 (MQ=255) gCGACTGTTCAACGATAGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATAcc < 1:593356/63‑1 (MQ=255) tGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATAtcatca < 1:1862435/69‑1 (MQ=255) cAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCAcc < 1:3293043/67‑1 (MQ=255) cAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCAcc < 1:150962/67‑1 (MQ=255) cAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCtt > 1:3109076/1‑69 (MQ=255) cAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCtt > 1:2696680/1‑69 (MQ=255) cAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCtt > 1:1591758/1‑69 (MQ=255) cAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCtt > 1:2108883/1‑69 (MQ=255) cGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGc < 1:1239196/69‑1 (MQ=255) cGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGc < 1:2078448/69‑1 (MQ=255) gATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:2305384/44‑1 (MQ=255) ggCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCttt < 1:919046/41‑1 (MQ=255) gTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATg > 1:2827856/1‑69 (MQ=255) gTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATg > 1:1009032/1‑69 (MQ=255) gTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATg > 1:910379/1‑69 (MQ=255) gTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATg > 1:1132356/1‑69 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCCCCTTCGCCACGCACCATCATGTTGcc > 1:2696084/1‑69 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGcc > 1:2821822/1‑69 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGcc > 1:229286/1‑69 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGcc > 1:2251314/1‑69 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGcc > 1:1016652/1‑69 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGcc > 1:3124030/1‑69 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGcc > 1:1947767/1‑69 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGc > 1:216200/1‑68 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGc > 1:1966581/1‑68 (MQ=255) tGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCGTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGc > 1:1847381/1‑68 (MQ=255) gtTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCtt < 1:1844010/67‑1 (MQ=255) gtTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCtt < 1:1559499/67‑1 (MQ=255) gtTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCtt < 1:560368/67‑1 (MQ=255) gtTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCtt < 1:1726770/67‑1 (MQ=255) gtTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCtt < 1:2531332/67‑1 (MQ=255) gtTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCtt < 1:3322615/67‑1 (MQ=255) gtTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCtt < 1:238407/67‑1 (MQ=255) ttAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCtt < 1:2077711/66‑1 (MQ=255) ccgccAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCtt < 1:1487108/59‑1 (MQ=255) agCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAAt > 1:2640191/1‑69 (MQ=255) tttGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCg < 1:3421867/69‑1 (MQ=255) tttGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCg < 1:367158/69‑1 (MQ=255) tttGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCg < 1:177239/69‑1 (MQ=255) tttGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCg < 1:53284/69‑1 (MQ=255) tttGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCg < 1:3313560/69‑1 (MQ=255) tttGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCg < 1:582099/69‑1 (MQ=255) tttGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCg < 1:1310448/69‑1 (MQ=255) tttGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCg < 1:2197662/69‑1 (MQ=255) tttGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCg < 1:2285953/69‑1 (MQ=255) | ACAGGAAACGTTGCGACTGTTCAACGATGGCCTCCATTGTCTCTGGTGTTAATTGCCGCCAGAGCCTTTGATACCAGATATCATCACCTTCGCCACGCACCATCATGTTGCCTTCGTAAGCCTGAAGGAATTTCG > minE/1906126‑1906260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |