| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,906,811 | C→T | 44.4% | L885L (TTG→TTA) | recC ← | exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,906,811 | 0 | C | T | 44.4% | 10.5 / 40.3 | 54 | L885L (TTG→TTA) | recC | exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/15); new base T (15/9); total (30/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTAAATCCCCTGCCGCTCGGAAGCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCGGGGATTTC > minE/1906744‑1906879 | gTAAATCCCCTGCCGCTCGGAAGCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTc < 1:35097/68‑1 (MQ=255) aaaTCCCCTGCCGCTCGGAAGCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAAt < 1:1502911/69‑1 (MQ=255) aaaTCCCCTGCCGCTCGGAAGCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAAt < 1:60132/69‑1 (MQ=255) cGGAAGCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCtgattgat > 1:1418071/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:943339/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:2490447/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:2097579/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:1963765/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:2528150/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:526575/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:1691023/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:1566964/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:680342/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:1511111/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:3205987/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:812086/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:1384200/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:89792/1‑68 (MQ=255) gAATCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTACATTTAATAACTGCTGGttgattt > 1:943275/1‑68 (MQ=255) cAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAAt > 1:703378/1‑40 (MQ=255) tcatcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATa > 1:1557466/1‑69 (MQ=255) catcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaa > 1:2368466/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAAGTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:3311554/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAg < 1:2377788/54‑1 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAg < 1:2275628/54‑1 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAg < 1:2525392/54‑1 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAg < 1:2557052/54‑1 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAg < 1:2593536/54‑1 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAg < 1:2895723/54‑1 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAg < 1:147201/54‑1 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:415870/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:460544/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:36514/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:516243/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:2536018/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:1254282/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:2325553/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:1851003/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATaaa > 1:1460985/1‑69 (MQ=255) atcCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCATCCAGAATaaa > 1:342458/1‑69 (MQ=255) tGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAg < 1:865275/50‑1 (MQ=255) aGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAg < 1:3278616/41‑1 (MQ=255) aGTACATTTAATAACTGCTGGTTGATTTGATAACGACTAAGCCCTTCAAGAATAAAAGGTTCGGTGTCg < 1:1675536/69‑1 (MQ=255) aGTACATTTAATAACTGCTGGTTGATTTGATAACGACTAAGCCCTTCAAGAATAAAAGGTTCGGTGTCg < 1:881352/69‑1 (MQ=255) aGTACATTTAATAACTGCTGGTTGATTTGATAACGACTAAGCCCTTCAAGAATAAAAGGTTCGGTGTCg < 1:738841/69‑1 (MQ=255) aGTACATTTAATAACTGCTGGTTGATTTGATAACGACTAAGCCCTTCAAGAATAAAAGGTTCGGTGTCg < 1:673624/69‑1 (MQ=255) aGTACATTTAATAACTGCTGGTTGATTTGATAACGACTAAGCCCTTCAAGAATAAAAGGTTCGGTGTCg < 1:599713/69‑1 (MQ=255) aGTACATTTAATAACTGCTGGTTGATTTGATAACGACTAAGCCCTTCAAGAATAAAAGGTTCGGTGTCg < 1:1815125/69‑1 (MQ=255) aGTACATTTAATAACTGCTGGTTGATTTGATAACGACTAAGCCCTTCAAGAATAAAAGGTTCGGTGTCg < 1:1846049/69‑1 (MQ=255) aGTACATTTAATAACTGCTGGTTGATTTGATAACGACTAAGCCCTTCAAGAATAAAAGGTTCGGTGTCg < 1:1037745/69‑1 (MQ=255) aGTACATTTAATAACTGCTGGTTGATTTGATAACGACTAAGCCCTTCAAGAATAAAAGGTTCGGTGTCg < 1:2891039/69‑1 (MQ=255) tGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCggg < 1:3297055/69‑1 (MQ=255) tGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCggg < 1:1411334/69‑1 (MQ=255) tGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCggg < 1:3363910/69‑1 (MQ=255) tGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTACAGAATAAATGGCTCGGTGTCggg < 1:1069896/69‑1 (MQ=255) cAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCGGGGATTTc > 1:1557385/1‑69 (MQ=255) cAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCGGGGATTTc > 1:1371194/1‑69 (MQ=255) | GTAAATCCCCTGCCGCTCGGAAGCGGCGGAACAAGCGTTCGGCATCATCCTGCTCAACCAGTGCATTCAATAACTGCTGATTGATTTGATAACGGCTAAGTCCTTCCAGAATAAATGGCTCGGTGTCGGGGATTTC > minE/1906744‑1906879 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |