| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,923,899 | C→T | 48.2% | T88T (ACC→ACT) | galR → | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,923,899 | 0 | C | T | 48.2% | 4.7 / 71.9 | 83 | T88T (ACC→ACT) | galR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/4); new base T (17/23); total (56/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
GATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGC > minE/1923837‑1923963 | gATGTTTCCGATCCTTTTTTCGGCGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTaa < 1:1744355/68‑1 (MQ=38)gATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGCGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGTCTTATCACACTGGTaa < 1:751297/68‑1 (MQ=38)gATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGCGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTaa < 1:2401294/68‑1 (MQ=255)gATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGCGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTaa < 1:1784776/68‑1 (MQ=255)gATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGCGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTaa < 1:2083274/68‑1 (MQ=255)gATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGCGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTaa < 1:1722466/68‑1 (MQ=255)gATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGCGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTaa < 1:1842158/68‑1 (MQ=255)gATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGCGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTaa < 1:153768/68‑1 (MQ=255)gATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGCGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTaa < 1:719831/68‑1 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1:1663365/1‑68 (MQ=255) ggTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACcaca > 1:1299768/1‑68 (MQ=255) ggTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACcac > 1:1945393/1‑67 (MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTAATTTTTTattg > 1:986723/1‑48 (MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTa > 1:386239/1‑62 (MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTa > 1:3266328/1‑62 (MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTa > 1:3303961/1‑62 (MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTa > 1:3317889/1‑62 (MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTa > 1:3154881/1‑62 (MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTa > 1:359674/1‑62 (MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTa > 1:2923092/1‑62 (MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACTGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTa > 1:946262/1‑62 (MQ=255) 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(MQ=255) gTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACaa > 1:2170538/1‑68 (MQ=255) gTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACaaa > 1:3203032/1‑67 (MQ=255) cAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGc > 1:652621/1‑67 (MQ=255) cAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGc > 1:686057/1‑67 (MQ=255) cAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGc > 1:3214113/1‑67 (MQ=255) cAGGTCGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGc > 1:221685/1‑67 (MQ=255) acacCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAg > 1:1992241/1‑68 (MQ=255) acacCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGc > 1:378974/1‑69 (MQ=255) acacCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGc > 1:1562321/1‑69 (MQ=255) acacCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGc > 1:3341964/1‑69 (MQ=255) | GATGTTTCCGATCCGTTTTTCGGTGCAATGGTGAAAGCGGTCGAACAGGTGGCTTATCACACCGGTAATTTTTTATTGATTGGCAACGGTTACCACAACGAACAAAAAGAGCGTCAGGCCATTGAGC > minE/1923837‑1923963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |