| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,932,405 | C→A | 27.5% | L75L (CTG→CTT) | yqeF ← | predicted acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,932,405 | 0 | C | A | 27.5% | 175.7 / 60.8 | 116 | L75L (CTG→CTT) | yqeF | predicted acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/47); new base A (9/23); total (46/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
AGATGCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTC > minE/1932340‑1932459 | aGATGCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAg > 1:2119285/1‑68 (MQ=255)aGATGCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAg > 1:653163/1‑68 (MQ=255)aGATGCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAg > 1:1270912/1‑68 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:947294/69‑1 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:2202759/69‑1 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:15781/69‑1 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:2434550/69‑1 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac > 1:2597679/1‑69 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:2919646/69‑1 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:2935560/69‑1 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:298149/69‑1 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:137138/69‑1 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac > 1:322909/1‑69 (MQ=255) gCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:733543/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGaccac < 1:125819/68‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGTAAGaccacc < 1:1259002/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:1919524/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:3212600/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:200299/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:2007353/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:2064974/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:1028421/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:2224379/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:619562/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:2384064/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:480626/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:349677/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:275731/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:2806125/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:2904305/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:1442504/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:1054699/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:1115594/69‑1 (MQ=255) cAGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGAAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:1091117/69‑1 (MQ=255) aGTGCTTTAAGCCCGGAACCACAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:1573897/68‑1 (MQ=255) cTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:1950249/1‑67 (MQ=255) cTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:1511790/1‑67 (MQ=255) cTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:328530/1‑67 (MQ=255) cTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:1590330/1‑67 (MQ=255) cTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:2616835/1‑67 (MQ=255) cTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGATATTAGGCAGACCACCtt > 1:1776768/1‑66 (MQ=255) ccGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGa > 1:2684038/1‑68 (MQ=255) gCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:521837/1‑51 (MQ=255) gCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:1897291/1‑51 (MQ=255) gCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:1172097/1‑51 (MQ=255) gCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:3182737/1‑51 (MQ=255) gCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:3088039/1‑51 (MQ=255) gCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:555265/1‑51 (MQ=255) gCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:2419023/1‑51 (MQ=255) gCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:2230282/1‑51 (MQ=255) gCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:1582497/1‑51 (MQ=255) ccAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCttt > 1:2941541/2‑51 (MQ=255) acAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGCCCACCTTTAATAGCCGAttgtcttgc > 1:2464639/2‑69 (MQ=255) acAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGACCACCTTTAATAGCCg > 1:2914981/2‑59 (MQ=255) acAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGACCACCTTTAATAGCCGAttgtcttgc > 1:1400751/2‑69 (MQ=255) acAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGACCACCTTTAATAGCCGAttgtcttgc > 1:2586087/2‑69 (MQ=255) acAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGACCACCTTTAATAGCCGAttgtcttgc > 1:1842159/2‑69 (MQ=255) aaCGTCATTAATAGTGATTTCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCgg < 1:1721758/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCgg < 1:180567/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCgg < 1:148100/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCgg < 1:714470/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCgg < 1:1293215/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCgg < 1:2963881/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCgg < 1:489179/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCgg < 1:826634/69‑1 (MQ=255) aCGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCgg < 1:1993058/68‑1 (MQ=255) tCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:2588124/41‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:1403820/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:3154998/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:313860/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:3240776/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:444678/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:1107397/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:302307/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:1995267/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:3012089/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctg < 1:2398004/69‑1 (MQ=255) aTTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGAAGaccacc < 1:1025548/39‑1 (MQ=255) tAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctgc < 1:584175/68‑1 (MQ=255) tAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctgc < 1:1263022/68‑1 (MQ=255) tAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctgc < 1:2842837/68‑1 (MQ=255) tAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCCATTGCCTTGCCGGATTctgc < 1:2745636/68‑1 (MQ=255) aaTAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctgccc > 1:3140228/1‑69 (MQ=255) gTGATTTCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctgccctgcc > 1:3159976/1‑69 (MQ=255) gTGATTGCATAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctgccctgc > 1:220131/1‑68 (MQ=255) aTTGCAGAAACGCTATTAGGAAGACCACCTTTAATAGCCGATTGTCTTGCCGGATTctgcact > 1:3021632/1‑63 (MQ=255) aTTGCAGAAACGCTATTAGGAAGACCACCTTTAATAGCCGATTGTCTTGCCGGATTCTGccctgcccc > 1:602241/1‑68 (MQ=255) aTTGCAGAAACGCTATTAGGAAGACCACCTTTAATAGCCGATTGTCTTGCCGGATTCTGccctgcccc > 1:583745/1‑68 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTc < 1:2918633/69‑1 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTc < 1:1818945/69‑1 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTc < 1:1688670/69‑1 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTc < 1:1519782/69‑1 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTc < 1:324544/69‑1 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTc < 1:1565125/69‑1 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTc < 1:1541132/69‑1 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTc < 1:2662044/69‑1 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTc < 1:380590/69‑1 (MQ=255) aCGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctgc > 1:2339530/1‑51 (MQ=255) aCGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctgc > 1:2580291/1‑51 (MQ=255) aCGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTctgc > 1:838359/1‑51 (MQ=255) | AGATGCAGTGCTTTAAGCCCGGAACCGCAAACGTCATTAATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTC > minE/1932340‑1932459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |