| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,937,926 | G→A | 38.3% | G55G (GGC→GGT) | dsbC ← | protein disulfide isomerase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,937,926 | 0 | G | A | 38.3% | 123.5 / 133.1 | 203 | G55G (GGC→GGT) | dsbC | protein disulfide isomerase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/27); new base A (55/23); total (153/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
CCACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAGGCGCGGGCTGAATATCGCTGCTTTTGATG > minE/1937864‑1937992 | ccACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCt > 1:879763/1‑68 (MQ=255)ccACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCt > 1:1630747/1‑68 (MQ=255)ccACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCt > 1:1550102/1‑68 (MQ=255)ccACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCt > 1:1312779/1‑68 (MQ=255)ccACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCt > 1:1924116/1‑68 (MQ=255)ccACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCt > 1:280522/1‑68 (MQ=255)ccACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCt > 1:1753439/1‑68 (MQ=255)ccACTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCt > 1:3143816/1‑68 (MQ=255) aCTAACGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGtt < 1:1440099/69‑1 (MQ=255) aaCGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTa > 1:922977/1‑67 (MQ=255) aaCGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTa > 1:1256236/1‑67 (MQ=255) aaCGTCATACATTGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTa > 1:2579936/1‑67 (MQ=255) tGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCtt < 1:1881312/69‑1 (MQ=255) tGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCtt < 1:3005543/69‑1 (MQ=255) tGGCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCtt < 1:1152062/69‑1 (MQ=255) ggCCCCTGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTc > 1:285349/1‑69 (MQ=255) tGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTc > 1:2782108/1‑63 (MQ=255) tGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTc > 1:2163988/1‑63 (MQ=255) tGAATGATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTc > 1:2007290/1‑63 (MQ=255) 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(MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:2770595/69‑1 (MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:2716805/69‑1 (MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:1001552/69‑1 (MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:434388/69‑1 (MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:826212/69‑1 (MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:267880/69‑1 (MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:1803812/69‑1 (MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:1712734/69‑1 (MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:1906903/69‑1 (MQ=255) gATATGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACACCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTAc < 1:1666823/69‑1 (MQ=255) atatGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACa > 1:3342483/1‑69 (MQ=255) atatGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACa > 1:2265407/1‑69 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCtt > 1:468184/1‑54 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCtt > 1:3037409/1‑54 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAgg > 1:2245493/1‑69 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAgg > 1:2238585/1‑69 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAgg > 1:2447075/1‑69 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAgg > 1:3276627/1‑69 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAgg > 1:1458482/1‑69 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAgg > 1:2868823/1‑69 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAgg > 1:711941/1‑69 (MQ=255) atGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAgg > 1:1843689/1‑69 (MQ=255) tGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGt < 1:1592948/37‑1 (MQ=255) tGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGt < 1:1512623/37‑1 (MQ=255) tGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGt < 1:2992936/37‑1 (MQ=255) tGTTTACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGt < 1:3302764/37‑1 (MQ=255) tttACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGt > 1:1504515/1‑35 (MQ=255) tttACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGt > 1:515212/1‑35 (MQ=255) tttACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGt > 1:529140/1‑35 (MQ=255) tttACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGt > 1:102303/1‑35 (MQ=255) tttACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGt > 1:2126233/1‑35 (MQ=255) tttACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAGgcgc > 1:708579/1‑69 (MQ=255) tttACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAGgcgc > 1:2015737/1‑69 (MQ=255) tttACCATCATCGGTGATGTACAACACGCCGCTGTTAGTCAGAACTGTCTTCATGCCAGCTACAGgcg > 1:3071719/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |