| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,941,417 | A→G | 62.4% | V279V (GTA→GTG) | ygfZ → | predicted folate‑dependent regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,941,417 | 0 | A | G | 62.4% | 44.8 / 47.1 | 77 | V279V (GTA→GTG) | ygfZ | predicted folate‑dependent regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/8); new base G (18/30); total (39/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-03 | |||||||||||
TGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGA > minE/1941353‑1941482 | tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:920339/1‑69 (MQ=255)tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:766354/1‑69 (MQ=255)tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:2992807/1‑69 (MQ=255)tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:3104054/1‑69 (MQ=255)tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:3121900/1‑69 (MQ=255)tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTg > 1:1114958/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCt > 1:1218377/1‑64 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:3258181/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1920340/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2219805/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2328828/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2349576/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2447498/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2532499/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1645231/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1617341/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1434092/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1320367/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:504753/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1167031/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:836894/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1015401/1‑68 (MQ=255) aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAAAGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:329645/1‑68 (MQ=255) aGCTCGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:781950/1‑68 (MQ=255) cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTTCGGTaa < 1:4506/69‑1 (MQ=255) cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:2554770/69‑1 (MQ=255) cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:3091377/69‑1 (MQ=255) cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:829513/69‑1 (MQ=255) cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:1420527/69‑1 (MQ=255) cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:1639558/69‑1 (MQ=255) gACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGaa < 1:886637/69‑1 (MQ=255) gACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGaa < 1:2657853/69‑1 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTTGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:2767621/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTTAAACTGGAAg > 1:631966/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:972127/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:1817069/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:847450/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:579334/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:557508/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:464617/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:3417180/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:1004152/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:2527073/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:246204/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:2280483/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:2082670/1‑69 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:1759831/1‑69 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGTCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:519845/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAtgttgt < 1:1749150/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2568220/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2270857/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1365777/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2196679/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:584760/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:3137680/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1152911/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1055925/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:3091334/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1198866/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:669316/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2642188/69‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2302118/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:494346/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:49277/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:918221/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1342832/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:3423880/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:236939/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2604550/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1400513/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:697855/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:3202088/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2157028/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2633593/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:961952/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:610151/68‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1772097/68‑1 (MQ=255) ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:3204123/68‑1 (MQ=255) ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:3153268/68‑1 (MQ=255) ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:2966869/68‑1 (MQ=255) ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGGCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:1100678/68‑1 (MQ=255) gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGt > 1:2468555/1‑40 (MQ=25) gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGTTTGTCATGAATAACGata > 1:724736/1‑69 (MQ=255) gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGata > 1:543725/1‑69 (MQ=255) gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGata > 1:2379074/1‑69 (MQ=255) cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTTGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg < 1:1510749/69‑1 (MQ=255) cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg > 1:1231856/1‑69 (MQ=255) cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg > 1:3161361/1‑69 (MQ=255) gtacTGGCTGCTGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa < 1:2663567/68‑1 (MQ=255) gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:1102767/62‑1 (MQ=255) gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa < 1:1880487/68‑1 (MQ=255) gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:961915/1‑68 (MQ=255) gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:1786310/1‑68 (MQ=255) gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa < 1:2040347/68‑1 (MQ=255) gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:1782332/1‑68 (MQ=255) gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:1480216/1‑68 (MQ=255) gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:2630163/1‑68 (MQ=255) gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACAATATGGa < 1:2468377/68‑1 (MQ=255) tacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa < 1:1736467/67‑1 (MQ=255) | TGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGA > minE/1941353‑1941482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |