| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,941,429 | A→C | 45.0% | V283V (GTA→GTC) | ygfZ → | predicted folate‑dependent regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,941,429 | 0 | A | C | 45.0% | 8.2 / 113.0 | 99 | V283V (GTA→GTC) | ygfZ | predicted folate‑dependent regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/32); new base C (4/40); total (27/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCA > minE/1941362‑1941493 | cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTTCGGTaa < 1:4506/69‑1 (MQ=255)cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:829513/69‑1 (MQ=255)cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:2554770/69‑1 (MQ=255)cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:1639558/69‑1 (MQ=255)cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:1420527/69‑1 (MQ=255)cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:3091377/69‑1 (MQ=255) gACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGaa < 1:886637/69‑1 (MQ=255) gACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGaa < 1:2657853/69‑1 (MQ=255) aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTTGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 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> minE/1941362‑1941493 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |