Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 1,941,462 | C→T | 13.6% | V294V (GTC→GTT) | ygfZ → | predicted folate‑dependent regulatory protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 1,941,462 | 0 | C | T | 13.6% | 158.6 / 10.6 | 87 | V294V (GTC→GTT) | ygfZ | predicted folate‑dependent regulatory protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/50); new base T (3/9); total (28/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATACATTGCATA > minE/1941396‑1941529 | cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGTCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:519845/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAtgttgt < 1:1749150/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1365777/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:3137680/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:584760/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2642188/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2196679/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1152911/69‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 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(MQ=255) gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGCATAGCa < 1:58545/67‑1 (MQ=255) ggAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg < 1:708741/57‑1 (MQ=255) ggTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac < 1:2267912/69‑1 (MQ=255) gTCTGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac < 1:2332925/68‑1 (MQ=255) tCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac < 1:2412413/67‑1 (MQ=255) gTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCg < 1:687405/69‑1 (MQ=255) tGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa < 1:2284373/69‑1 (MQ=255) ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa < 1:19239/68‑1 (MQ=255) ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa < 1:547863/68‑1 (MQ=255) ggTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCGAATa < 1:1698940/68‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |