| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,944,009 | T→C | 32.4% | Y360Y (TAT→TAC) | bglA → | 6‑phospho‑beta‑glucosidase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,944,009 | 0 | T | C | 32.4% | 61.1 / 39.2 | 77 | Y360Y (TAT→TAC) | bglA | 6‑phospho‑beta‑glucosidase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/5); new base C (12/13); total (59/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.05e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCAAACCCGTATGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCTT > minE/1943946‑1944076 | aCCAAACCCGTATGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACt < 1:1074441/69‑1 (MQ=255)aCCAAACCCGTATGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACt < 1:569488/69‑1 (MQ=255)aCCAAACCCGTATGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACt < 1:1366614/69‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:992903/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:2104768/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:2073786/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:2054752/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:2187372/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:2677372/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:3239119/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:1449904/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:438135/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:847254/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:1199612/68‑1 (MQ=255) tccGTATGTTAAAGCGTCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGGCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:2981268/68‑1 (MQ=255) cccGTATGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACt < 1:2100564/63‑1 (MQ=255) tGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGt > 1:44690/1‑68 (MQ=255) tGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGt > 1:1910316/1‑68 (MQ=255) tGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGt > 1:2524906/1‑68 (MQ=255) tGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGt > 1:2624762/1‑68 (MQ=255) tGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGt > 1:3002375/1‑68 (MQ=255) tGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGt > 1:483129/1‑68 (MQ=255) tGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGt > 1:1339520/1‑68 (MQ=255) ttAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATg > 1:3253312/1‑69 (MQ=255) ttAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATg > 1:83558/1‑69 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGc > 1:2173487/1‑43 (MQ=37) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:1603640/1‑66 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:3036607/1‑66 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:1734114/1‑66 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:579077/1‑66 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:2576541/1‑66 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:2379569/1‑66 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:2188459/1‑66 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:1336362/1‑66 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:1084922/1‑66 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGAGCTGTATGAGCGt > 1:21974/1‑65 (MQ=255) cTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCAATTTGCGAGCTGTATGAGCGtt > 1:2189412/1‑66 (MQ=255) gCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCg > 1:201986/1‑68 (MQ=255) gCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGc > 1:1923780/1‑69 (MQ=255) gCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGc > 1:1244490/1‑69 (MQ=255) gCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGc > 1:3416042/1‑69 (MQ=255) gCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGc > 1:2699655/1‑69 (MQ=255) gCAGATTGATCCGGTTGGTCTGCGCTACGCACTTTGCGa < 1:1036783/39‑1 (MQ=37) ttGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTg > 1:2374846/1‑69 (MQ=255) aGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACgg > 1:587986/1‑69 (MQ=255) aGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACgg > 1:1399990/1‑69 (MQ=255) aGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACgg > 1:280915/1‑69 (MQ=255) aGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACgg > 1:1892193/1‑69 (MQ=255) aGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACgg > 1:2058971/1‑69 (MQ=255) aGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACgg > 1:2408483/1‑69 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACg > 1:628243/1‑67 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGt > 1:938634/1‑69 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGt > 1:593712/1‑69 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGt > 1:802459/1‑69 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGt > 1:1890862/1‑69 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGt > 1:3373473/1‑69 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGt > 1:3357607/1‑69 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGt > 1:3034656/1‑69 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGt > 1:1602428/1‑69 (MQ=255) ggTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGt > 1:918949/1‑69 (MQ=255) cgcTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGgc > 1:1487507/1‑69 (MQ=255) cgcTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGgc > 1:3185332/1‑69 (MQ=255) cgcTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGgc > 1:3162673/1‑69 (MQ=255) cgcTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGgc > 1:1088393/1‑69 (MQ=255) cgcTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGgc > 1:778376/1‑69 (MQ=255) cgcTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGgc > 1:188723/1‑69 (MQ=255) cTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGgc < 1:181073/67‑1 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACgg > 1:3353239/1‑59 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCt > 1:1052229/1‑69 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCt > 1:1177098/1‑69 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCt > 1:1214577/1‑69 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCt > 1:485289/1‑69 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCt > 1:1441158/1‑69 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCt > 1:1558462/1‑69 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCt > 1:1669835/1‑69 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCt > 1:170470/1‑69 (MQ=255) tATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCt > 1:2566535/1‑69 (MQ=255) tGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCtt > 1:545078/1‑68 (MQ=255) tGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCtt > 1:1261751/1‑68 (MQ=255) tGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCtt > 1:1464002/1‑68 (MQ=255) | ACCAAACCCGTATGTTAAAGCATCTGACTGGGGCTGGCAGATTGATCCAGTAGGTCTGCGCTATGCACTTTGCGAACTGTATGAGCGTTATCAGAGGCCGCTGTTTATTGTCGAAAACGGTTTTGGCGCTT > minE/1943946‑1944076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |