| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,951,476 | T→G | 54.1% | Q37P (CAG→CCG) | visC ← | predicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,951,476 | 0 | T | G | 54.1% | 16.2 / 60.9 | 61 | Q37P (CAG→CCG) | visC | predicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/20); new base G (22/11); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
GGCATTGATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCC > minE/1951421‑1951538 | ggcATTGATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTc < 1:411206/69‑1 (MQ=255) gATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTg < 1:993307/51‑1 (MQ=255) gATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTg > 1:2412717/1‑51 (MQ=255) gATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTg > 1:1863645/1‑51 (MQ=255) gATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTg < 1:2704715/51‑1 (MQ=255) gATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTg < 1:1634202/51‑1 (MQ=255) gATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTg > 1:35804/1‑51 (MQ=255) gATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTg > 1:132605/1‑51 (MQ=255) gATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTg < 1:811739/51‑1 (MQ=255) gATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTg < 1:892463/51‑1 (MQ=255) aaaCGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAAcgc < 1:520443/69‑1 (MQ=255) aaaCGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAAcgc < 1:2999246/69‑1 (MQ=255) aaaCGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAAcgc < 1:2550402/69‑1 (MQ=255) aaaCGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAAcgc < 1:2404709/69‑1 (MQ=255) aGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCg < 1:2365817/69‑1 (MQ=255) gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:1225700/69‑1 (MQ=255) gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:2308080/69‑1 (MQ=255) gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:3341875/69‑1 (MQ=255) gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:639767/69‑1 (MQ=255) gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:1223040/69‑1 (MQ=255) gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:1303641/69‑1 (MQ=255) gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:132694/69‑1 (MQ=255) gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:202378/69‑1 (MQ=255) gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:1461741/69‑1 (MQ=255) tgCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTAc > 1:1910639/1‑42 (MQ=255) tgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:3082234/68‑1 (MQ=255) cATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGc < 1:1238452/69‑1 (MQ=255) cATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGc < 1:544402/69‑1 (MQ=255) cATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:213260/66‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCAGAGGTTCCTCTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGc > 1:407734/1‑67 (MQ=255) cgccgcCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCcaca > 1:2119486/1‑69 (MQ=255) cgccgcCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCcaca > 1:1887771/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCGCAGGCa > 1:2050309/1‑68 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCcgca > 1:3346321/1‑64 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:59604/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:2300611/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:767417/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:3180624/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:2615828/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCa > 1:98736/1‑68 (MQ=255) gagGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCg < 1:656618/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:1920909/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:1242524/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:961510/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:1786084/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:401210/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:521648/69‑1 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2192926/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:964690/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2252680/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:1435301/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:551033/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:421245/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2604217/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:1439847/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:1451635/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:3132382/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:294959/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2656311/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2655350/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2611291/1‑69 (MQ=255) | GGCATTGATAGCCGAAACGCGCAGTTGTGGTGGTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCC > minE/1951421‑1951538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |