| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,951,514 | C→A | 74.0% | G24G (GGG→GGT) | visC ← | predicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,951,514 | 0 | C | A | 74.0% | 84.3 / 39.1 | 73 | G24G (GGG→GGT) | visC | predicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/10); new base A (43/11); total (52/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
GTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACAC > minE/1951453‑1951578 | gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:3341875/69‑1 (MQ=255)gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:1223040/69‑1 (MQ=255)gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:1225700/69‑1 (MQ=255)gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:2308080/69‑1 (MQ=255)gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:1303641/69‑1 (MQ=255)gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:132694/69‑1 (MQ=255)gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:202378/69‑1 (MQ=255)gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:639767/69‑1 (MQ=255)gtgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:1461741/69‑1 (MQ=255) tgCATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:3082234/68‑1 (MQ=255) cATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGc < 1:1238452/69‑1 (MQ=255) cATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGc < 1:544402/69‑1 (MQ=255) cATCCGCCGCCAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTa < 1:213260/66‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCAGAGGTTCCTCTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGc > 1:407734/1‑67 (MQ=255) cgccgcCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCcaca > 1:2119486/1‑69 (MQ=255) cgccgcCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCcaca > 1:1887771/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCGCAGGCa > 1:2050309/1‑68 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCcgca > 1:3346321/1‑64 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:2615828/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:59604/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:3180624/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:767417/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCaa > 1:2300611/1‑69 (MQ=255) ccAGAGGTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCa > 1:98736/1‑68 (MQ=255) gagGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCg < 1:656618/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:521648/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:1242524/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:961510/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:401210/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:1920909/69‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGcc < 1:1786084/69‑1 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:294959/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:1451635/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2656311/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:964690/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:3132382/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2655350/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2611291/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2604217/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:421245/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2252680/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:2192926/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:1435301/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:551033/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGcc > 1:1439847/1‑69 (MQ=255) cgcgCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCccac < 1:2397472/67‑1 (MQ=255) ttctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:3425446/3‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCcgca > 1:307825/1‑44 (MQ=38) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGc > 1:3070680/1‑47 (MQ=39) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:459086/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:510882/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:880396/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:2504871/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:3233705/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:2873471/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:1129/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:2773700/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:1010215/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:2479268/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:2158274/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:2123390/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:1970088/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:1962268/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:1385907/1‑69 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgcc > 1:2610397/1‑68 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgcc > 1:1930893/1‑68 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgca > 1:1926565/1‑67 (MQ=255) tgctCCAGTACGGCAACCCGTAAGCCGCTACCCTGTAAGCCGCAGGCAACCGCCAGCCCGACCATgccg > 1:1283378/1‑69 (MQ=255) aCGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCcaaca > 1:3211730/1‑69 (MQ=255) aCGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCcaaca > 1:1310379/1‑69 (MQ=255) aCGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCcaaca > 1:207576/1‑69 (MQ=255) aCGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCcaaca > 1:2800938/1‑69 (MQ=255) cGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAacac > 1:1069926/1‑69 (MQ=255) | GTGCATTCGCCGCCAGAGGTTCCTGTACGCGCTGCTCCAGTACGGCAACGCGTAAGCCGCTCCCCTGTAAGCCACAGGCAACCGCCAGCCCCACCATGCCGCCGCCAACAATGGCTACATCAACAC > minE/1951453‑1951578 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |