| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,953,428 | A→G | 47.5% | Y227Y (TAT→TAC) | pepP ← | proline aminopeptidase P II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,953,428 | 0 | A | G | 47.5% | 1.3 / 70.5 | 80 | Y227Y (TAT→TAC) | pepP | proline aminopeptidase P II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/10); new base G (19/19); total (51/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTTCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGAACATT > minE/1953365‑1953491 | gTTTTCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAgcg > 1:2059373/1‑69 (MQ=255)gTTTTCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAgcg > 1:819965/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:248489/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:3018495/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1981111/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1931780/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:3405945/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:2649791/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:742529/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1723330/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1612396/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1441913/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:820702/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1176788/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:257655/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:933391/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:1131719/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgc > 1:1393170/1‑68 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacg > 1:27325/1‑67 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGCATCCGTTTTCACAGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:3113413/1‑69 (MQ=255) tttCGGTGTAGTGCAAAATGAATCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAacgcg > 1:3267320/1‑69 (MQ=255) ttCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAgcgcgc > 1:749506/1‑69 (MQ=255) tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2677608/69‑1 (MQ=255) tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:609753/69‑1 (MQ=255) tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2869560/69‑1 (MQ=255) tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2972208/69‑1 (MQ=255) tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:3274039/69‑1 (MQ=255) tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2740246/69‑1 (MQ=255) tgtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:636534/69‑1 (MQ=255) 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gtAGTGCAAAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:1056719/68‑1 (MQ=255) gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGc > 1:8173/1‑68 (MQ=255) gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:725433/1‑69 (MQ=255) gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:1115436/1‑69 (MQ=255) gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:3798/1‑69 (MQ=255) gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:3251082/1‑69 (MQ=255) gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:520699/1‑69 (MQ=255) gTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCg > 1:1759660/1‑69 (MQ=255) aaaTGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCAACAATGGTGTTATAGGAAGGGTAACGCGCACCGt < 1:2585011/59‑1 (MQ=255) aTGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAAt > 1:773798/1‑69 (MQ=255) ttCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGaa > 1:3149414/1‑68 (MQ=255) ttCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAAt > 1:892145/1‑69 (MQ=255) ttCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAAt > 1:2626178/1‑69 (MQ=255) gACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCa < 1:1936548/68‑1 (MQ=255) gACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCa < 1:1861108/68‑1 (MQ=255) gACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCa < 1:359821/68‑1 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCCCCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATgg > 1:697906/1‑61 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:1843372/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:247511/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2239215/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2437646/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2396230/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2330186/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2831163/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2296538/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:2253243/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:3414696/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa > 1:3154190/1‑69 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGa > 1:699665/1‑68 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGa > 1:3148561/1‑68 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGa > 1:996174/1‑68 (MQ=255) ataGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCATTCCAGATGGTACTCGaa > 1:3187589/1‑69 (MQ=255) ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:307434/66‑1 (MQ=255) ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:670704/66‑1 (MQ=255) ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:1825684/66‑1 (MQ=255) ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:2356879/66‑1 (MQ=255) ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:1163831/66‑1 (MQ=255) ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:95787/66‑1 (MQ=255) ggACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGaa < 1:3394952/66‑1 (MQ=255) gACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGAACAtt > 1:3193624/1‑69 (MQ=255) gACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGAACAt > 1:3333426/1‑68 (MQ=255) | GTTTTCGGTGTAGTGCAGAATGCAGCCGTTTTCACCGCTGCCGACAATGGTGTTATAGGACGGATAGCGCGCACCGTGGCGGTTAAATTCGTGGTGAATTTCGCCTTCCAGATGGTACTCGAACATT > minE/1953365‑1953491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |