| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 150,912 | T→C | 100% | S481S (AGT→AGC) | mrcB → | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 150,912 | 0 | T | C | 80.9% | 35.7 / 1.9 | 26 | S481S (AGT→AGC) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base C (21/0); total (25/1) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCGGCACTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAG > minE/150844‑150945 | ccGGCACTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAgt > 1:1796246/1‑69 (MQ=255)ccGGCACTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAgt > 1:2942403/1‑69 (MQ=255)ccGGCACTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAgt > 1:3206810/1‑69 (MQ=255)ccGGCACTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAgt > 1:3398156/1‑69 (MQ=255)ccGGCACTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAgt > 1:40468/1‑69 (MQ=255)ccGGCACTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAgt > 1:1640900/1‑69 (MQ=255) aCTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGa > 1:156758/1‑69 (MQ=255) aCTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGa > 1:387997/1‑69 (MQ=255) gCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGt < 1:2312878/68‑1 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:625344/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:552791/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:2559112/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:645283/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:3345948/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:898096/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:3152158/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:30028/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:954916/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:2580399/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:2554538/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:2343342/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:221011/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:1961411/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:1726054/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:16901/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:1623270/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:1387115/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:133676/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACCGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:1311522/1‑61 (MQ=255) aTCTTGAAACAGCGATTGTGGTTGTTGACCGCTTTAGCGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCggt > 1:2091346/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAg > 1:2940458/1‑69 (MQ=255) cTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAg > 1:1285085/1‑69 (MQ=255) | CCGGCACTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAG > minE/150844‑150945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |