| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 154,867 | G→T | 57.1% | T312T (ACG→ACT) | clcA → | chloride channel, voltage‑gated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 154,867 | 0 | G | T | 57.1% | 6.1 / 41.5 | 42 | T312T (ACG→ACT) | clcA | chloride channel, voltage‑gated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/9); new base T (8/16); total (17/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTG > minE/154810‑154933 | gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:156916/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:2257547/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:2421938/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:2110319/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:258869/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:3015734/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:304464/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:3218593/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:3329350/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:504582/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:631687/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:148754/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:786373/68‑1 (MQ=255)gaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:856382/68‑1 (MQ=255)aaTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGcggcgg > 1:1441947/1‑69 (MQ=255) gggCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGt < 1:891617/67‑1 (MQ=255) ggCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:2692723/65‑1 (MQ=255) gCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTg > 1:1811751/1‑69 (MQ=255) tGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTcc > 1:2346296/1‑69 (MQ=255) tGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTcc > 1:3244787/1‑69 (MQ=255) cTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCt > 1:2138559/1‑69 (MQ=255) cTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCt > 1:1516004/1‑69 (MQ=255) cTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCt > 1:523752/1‑69 (MQ=255) cTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCt > 1:3407491/1‑69 (MQ=255) cTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCt > 1:1704029/1‑69 (MQ=255) tgGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTAc < 1:1192980/66‑1 (MQ=255) ggATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGAt < 1:3245306/53‑1 (MQ=255) ggATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTAc < 1:1203477/65‑1 (MQ=255) gCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACTTCGGGcggcgg < 1:83932/36‑1 (MQ=255) gTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAg < 1:3201454/69‑1 (MQ=255) tttGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGc < 1:172981/69‑1 (MQ=255) tgtgGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGAt < 1:847342/39‑1 (MQ=255) gCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAg < 1:420401/62‑1 (MQ=255) gCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATggg < 1:2255161/68‑1 (MQ=255) aaCTTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGgt > 1:1977220/1‑69 (MQ=255) aaCTTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGgt > 1:2911332/1‑69 (MQ=255) aaCTTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGgt > 1:2881521/1‑69 (MQ=255) aaCTTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGgt > 1:368814/1‑69 (MQ=255) aaCTTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGgt > 1:1529676/1‑69 (MQ=255) aaCTTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGgt > 1:1014367/1‑69 (MQ=255) aaCTTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGgt > 1:1217526/1‑69 (MQ=255) aaCTTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCAT‑‑GAATGCTGgtg > 1:2091741/1‑68 (MQ=255) | AATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTG > minE/154810‑154933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |