| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,971,130 | G→A | 42.8% | D592D (GAC→GAT) | speA ← | biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,971,130 | 0 | G | A | 42.8% | 57.9 / 123.9 | 161 | D592D (GAC→GAT) | speA | biosynthetic arginine decarboxylase, PLP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/47); new base A (43/26); total (88/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CATATTGCAGCATGTCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATCACCGAACAGGTTGTGCATGTTGCCGAGGATC > minE/1971069‑1971196 | cATATTGCAGCATGTCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAg > 1:2305905/1‑66 (MQ=255)cATATTGCAGCATGTCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAg > 1:1723282/1‑66 (MQ=255)cATATTGCAGCATGTCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAg > 1:1858434/1‑66 (MQ=255)cATATTGCAGCATGTCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACAGTCa > 1:1620254/1‑65 (MQ=255) tGTCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACg > 1:678049/1‑68 (MQ=255) tGTCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACg > 1:1005000/1‑68 (MQ=255) tGTCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACg > 1:2594706/1‑68 (MQ=255) tGTCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACg > 1:1192137/1‑68 (MQ=255) tGTCCGCCACGGTATCCCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACg > 1:288944/1‑68 (MQ=255) tCCGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACg > 1:1834495/1‑60 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTTGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:2806043/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGAGGAACACGTCAAc < 1:1587380/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:1976576/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:2755681/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:2817173/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:2172516/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:391856/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:2822020/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:256885/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:507615/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:1405867/69‑1 (MQ=255) cGCCACGGTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:522537/69‑1 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAAc < 1:1565954/63‑1 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTATGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2586320/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:527966/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2297596/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2258864/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2850760/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:1140530/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:1204680/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2041557/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:884118/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2929613/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:3088800/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:3155877/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:3173621/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:240658/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:3399746/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:1693408/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:477470/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:445546/1‑69 (MQ=255) ggTATCGCCTTCCTCAGACAGATCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:1154943/1‑69 (MQ=255) tCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAAGACGTCAACCGCTTCGGTa < 1:3158955/69‑1 (MQ=255) tCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTa < 1:3040574/69‑1 (MQ=255) tCGCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTa < 1:2248933/69‑1 (MQ=255) gCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATc > 1:2710537/1‑69 (MQ=255) gCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATc > 1:2212677/1‑69 (MQ=255) gCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATc > 1:1728579/1‑69 (MQ=255) gCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATc > 1:1663755/1‑69 (MQ=255) gCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATc > 1:1327902/1‑69 (MQ=255) gCCTTCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATc > 1:982781/1‑69 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2864572/1‑60 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc < 1:3309195/60‑1 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc < 1:409809/60‑1 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc < 1:697757/60‑1 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc < 1:798305/60‑1 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2545137/1‑60 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:1292671/1‑60 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2697279/1‑60 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc < 1:1438054/60‑1 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc < 1:1274686/60‑1 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:2341576/1‑60 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc < 1:1817854/60‑1 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc < 1:1624785/60‑1 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:1697665/1‑60 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACTTCTACGCTACCGTAAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTc > 1:3009551/1‑60 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATCAc > 1:2738759/1‑68 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATCAc > 1:1780819/1‑68 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATCAc > 1:801119/1‑68 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATCAc > 1:2933084/1‑68 (MQ=255) ttCGTCAGACAGTTCTACCTCTACGCTACCATCAGGGAAGACGAACACGTCAACCGCTTCGGTATCAc > 1:2168231/1‑68 (MQ=255) 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minE/1971069‑1971196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |