| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,974,440 | T→C | 44.3% | I247I (ATT→ATC) | metK → | methionine adenosyltransferase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,974,440 | 0 | T | C | 44.3% | 16.4 / 71.1 | 88 | I247I (ATT→ATC) | metK | methionine adenosyltransferase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/41); new base C (36/3); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.94e-01 | |||||||||||
CCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAA > minE/1974377‑1974508 | cccGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCg < 1:2897439/68‑1 (MQ=255)cccGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCg < 1:1877269/68‑1 (MQ=255)cccGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCg < 1:1881276/68‑1 (MQ=255) ccGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGtt < 1:2048017/69‑1 (MQ=255) ccGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGtt < 1:2815075/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:1579317/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:2274883/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:1709239/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:387243/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:195622/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:2216969/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:383062/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:3032981/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:827492/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:3259015/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:3283818/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:344981/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATAGTTGAt < 1:6069/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGGGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:2312759/69‑1 (MQ=255) aCCGGTCGTTTAGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:1017019/69‑1 (MQ=255) gtttcgttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGtt < 1:2427956/59‑1 (MQ=255) tcgttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGCCTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTAcggc > 1:2827634/1‑68 (MQ=255) tcgttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTAcggc > 1:2435023/1‑68 (MQ=255) ttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACggcggc < 1:494736/68‑1 (MQ=255) ttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACggcggc < 1:1621292/68‑1 (MQ=255) ttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACggcggc < 1:767338/68‑1 (MQ=255) ttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACggcggc < 1:8034/68‑1 (MQ=255) ttATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACggcggc < 1:1631190/68‑1 (MQ=255) tATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACggcggc < 1:72666/67‑1 (MQ=255) tATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCAt > 1:2451249/1‑69 (MQ=255) tATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCAt > 1:656382/1‑69 (MQ=255) tATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCAt > 1:2615750/1‑69 (MQ=255) tATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCAt > 1:2611604/1‑69 (MQ=255) tATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCAt > 1:146628/1‑69 (MQ=255) aTCGGTGGCCCGATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATg > 1:3382756/1‑69 (MQ=255) aTCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACggcggc < 1:1066151/66‑1 (MQ=255) ggCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:2648765/48‑1 (MQ=255) gCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGtt < 1:3136005/44‑1 (MQ=255) aaTGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACggcggc < 1:1405079/55‑1 (MQ=255) ggTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:787357/39‑1 (MQ=255) ggTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:1242108/39‑1 (MQ=255) ggTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:701085/39‑1 (MQ=255) ggTAACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGAt < 1:315728/39‑1 (MQ=255) tGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCgg < 1:1988634/69‑1 (MQ=255) tGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCgg < 1:515046/69‑1 (MQ=255) tGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCgg < 1:676020/69‑1 (MQ=255) tGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCgg < 1:689477/69‑1 (MQ=255) tGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCgg < 1:2286095/69‑1 (MQ=255) aCTGCGTTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:3084040/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTa > 1:2492874/1‑40 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGt > 1:2602986/1‑68 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:368462/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:1077384/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:3427384/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:506708/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:402622/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:723831/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:3354494/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:838176/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:54751/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:3157835/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:592234/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:1547078/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:1601107/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:2566857/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:2391299/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTg > 1:172884/1‑69 (MQ=255) aCTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTAATGGTGGCGGTg > 1:1061804/1‑69 (MQ=39) tGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCa < 1:935139/69‑1 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTc > 1:2696157/1‑42 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTtctccg > 1:2060898/1‑61 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:2960879/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:3215994/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:923293/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:896607/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:848540/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:1354889/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:1427821/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:1804815/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:3418355/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:715876/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:2060899/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:2548129/1‑64 (MQ=255) gTCGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCgg > 1:628568/1‑64 (MQ=255) cGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCGGTAAAg < 1:1653393/67‑1 (MQ=255) cGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCGGTAAAg < 1:2528568/67‑1 (MQ=255) cGTAAAATCATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCATGGTGGCGGTGCGTTCTCCGGTAAAg < 1:320879/67‑1 (MQ=255) gTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATc > 1:1986681/1‑69 (MQ=255) tATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCaaa > 1:1428852/1‑69 (MQ=255) tATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCaaa < 1:3083886/69‑1 (MQ=255) | CCCGACCGGTCGTTTCGTTATCGGTGGCCCAATGGGTGACTGCGGTCTGACTGGTCGTAAAATTATCGTTGATACCTACGGCGGCATGGCGCGTCACGGTGGCGGTGCATTCTCTGGTAAAGATCCATCAAA > minE/1974377‑1974508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |