| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,977,299 | G→A | 53.2% | intergenic (+53/‑42) | sprT → / → endA | conserved hypothetical protein/DNA‑specific endonuclease I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,977,299 | 0 | G | A | 53.2% | 9.7 / 112.2 | 126 | intergenic (+53/‑42) | sprT/endA | conserved hypothetical protein/DNA‑specific endonuclease I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/35); new base A (48/19); total (72/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GCGAAATAACCATCTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTGTCTA > minE/1977238‑1977359 | gCGAAATAACCATCTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGc < 1:1985660/69‑1 (MQ=255)gCGAAATAACCATCTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGc < 1:1946696/69‑1 (MQ=255)gCGAAATAACCATCTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGc < 1:3225949/69‑1 (MQ=255)gCGAAATAACCATCTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGc < 1:3248709/69‑1 (MQ=255)gCGAAATAACCATCTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGc < 1:1354716/69‑1 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:986574/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:438355/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGc > 1:1492394/1‑68 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:60053/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:2036545/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:1990746/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:2998572/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:3003659/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:1240869/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:2180148/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:2436572/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:1516693/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:2197394/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:590348/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:1286994/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:494734/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:489143/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:1343140/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:2270408/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCt > 1:2243965/1‑69 (MQ=255) cTGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTAGCTGGCt > 1:3042334/1‑69 (MQ=255) tGAACTATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGc < 1:1530277/55‑1 (MQ=255) tATCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGtttt < 1:2356771/69‑1 (MQ=255) tCAGGAACTTTCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGtttt < 1:2137528/67‑1 (MQ=255) 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tttCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGt < 1:1739576/69‑1 (MQ=255) tttCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGt < 1:1559095/69‑1 (MQ=255) tttCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGt < 1:415483/69‑1 (MQ=255) tttCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGt < 1:423386/69‑1 (MQ=255) tttCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGt < 1:487518/69‑1 (MQ=255) tttCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGt < 1:122540/69‑1 (MQ=255) tttCCTGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGt < 1:1261368/69‑1 (MQ=255) tGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:2417407/68‑1 (MQ=255) tGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:3401609/68‑1 (MQ=255) tGATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:2097423/68‑1 (MQ=255) gATCTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTg < 1:1219463/68‑1 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGtt > 1:1498884/1‑37 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGt > 1:665633/1‑60 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt > 1:347012/1‑64 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:1380850/64‑1 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:1520366/64‑1 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:3264068/64‑1 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:1217519/64‑1 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:1476292/64‑1 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt > 1:2878365/1‑64 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:2674892/64‑1 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt > 1:3371359/1‑64 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt > 1:260486/1‑64 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt > 1:772482/1‑64 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt > 1:864890/1‑64 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt < 1:2427217/64‑1 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATg > 1:2490864/1‑68 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATg > 1:1520291/1‑68 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGt > 1:625368/1‑69 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGt > 1:1412778/1‑69 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGt > 1:472919/1‑69 (MQ=255) cTGGCTGATTGCATACCAAAACAACTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |