| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,987,087 | C→T | 39.0% | Q212Q (CAG→CAA) | ansB ← | periplasmic L‑asparaginase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,987,087 | 0 | C | T | 39.0% | 35.4 / 43.5 | 69 | Q212Q (CAG→CAA) | ansB | periplasmic L‑asparaginase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/14); new base T (11/16); total (39/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGC > minE/1987025‑1987152 | aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:2692422/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:1769901/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:2030374/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:1567993/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:2585911/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:3186810/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:1255278/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:3321722/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:387053/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTa > 1:105158/1‑68 (MQ=255)aGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCC‑GGGTACGTTGGTAg > 1:2073426/1‑68 (MQ=255) caGCTTAGAGACATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCtt > 1:2894493/1‑69 (MQ=255) caGCTTAGAGACATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCtt > 1:2301292/1‑69 (MQ=255) caGCTTAGAGACATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCtt > 1:509154/1‑69 (MQ=255) cATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGaa > 1:999020/1‑69 (MQ=255) cATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGaa > 1:2675514/1‑69 (MQ=255) cATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGaa > 1:2570172/1‑69 (MQ=255) cATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGaa > 1:2172885/1‑69 (MQ=255) cATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGaa > 1:926271/1‑69 (MQ=255) cGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt > 1:640065/1‑69 (MQ=255) cGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt > 1:2615751/1‑69 (MQ=255) cGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt > 1:1313076/1‑69 (MQ=255) cGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt > 1:257021/1‑69 (MQ=255) cGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt > 1:2329585/1‑69 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:1425128/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:1446185/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:2652967/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:2595921/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:114768/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:150972/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:868286/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:2235658/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:1043050/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:2171164/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:208358/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:1685137/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:1191071/69‑1 (MQ=255) cGAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACCTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:1043819/69‑1 (MQ=255) gAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:2927329/69‑1 (MQ=255) gAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:3101124/69‑1 (MQ=255) gAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:1296992/69‑1 (MQ=255) gAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:3292428/69‑1 (MQ=255) gAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:1780537/69‑1 (MQ=255) gAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:2637750/69‑1 (MQ=255) gAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:1455442/69‑1 (MQ=255) gAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:724096/69‑1 (MQ=255) gAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:809599/69‑1 (MQ=255) gAACGGCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:317566/68‑1 (MQ=255) aacggCGTGTCGCTGGTGTGCTTACGTGCCGGGGTACGTTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGt < 1:1611093/64‑1 (MQ=255) tGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAAcc < 1:1877028/69‑1 (MQ=255) gCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAAcc > 1:292804/1‑67 (MQ=255) gCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAAcc > 1:3406160/1‑67 (MQ=255) gCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAAcc > 1:3210630/1‑67 (MQ=255) gtCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAgg > 1:2614844/1‑69 (MQ=255) tATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTa < 1:2601029/52‑1 (MQ=255) aTGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:1849926/1‑69 (MQ=255) aTGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt < 1:2770857/69‑1 (MQ=255) aTGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:2747982/1‑69 (MQ=255) aTGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:1578399/1‑69 (MQ=255) aTGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:2266090/1‑69 (MQ=255) aTGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:1590864/1‑69 (MQ=255) tGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt < 1:2898609/68‑1 (MQ=255) cTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:3265295/1‑66 (MQ=255) cTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:3245215/1‑66 (MQ=255) cTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:3208689/1‑66 (MQ=255) cTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:2932869/1‑66 (MQ=255) cTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:2262415/1‑66 (MQ=255) cTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGtt > 1:1029679/1‑66 (MQ=255) aCGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGc < 1:856790/69‑1 (MQ=255) | AGTTCATTCAGCTTAGAGACATCGAATGGCGTGTCGCTGGTATGCTTACGTGCCGGGGTACGCTGGTAGTCAATCTTACCGTTGTGAATGTAACCCAGAGGACCGTAGTTAACAGACTTGAAGGTCGC > minE/1987025‑1987152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |