| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 160,737 | G→A | 43.8% | P343P (CCG→CCA) | degP → | serine endoprotease (protease Do), membrane‑associated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 160,737 | 0 | G | A | 43.8% | 19.3 / 55.2 | 73 | P343P (CCG→CCA) | degP | serine endoprotease (protease Do), membrane‑associated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/25); new base A (14/18); total (30/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTCCTCCGCTGCAAAAGCGGGCATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGGCAGCAAACTGA > minE/160673‑160798 | aTTCCTCCGCTGCAAAAGCGGGCATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCGATc > 1:2027473/1‑68 (MQ=255)aTTCCTCCGCTGCAAAAGCGGGCATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCGATc > 1:2049158/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:1341916/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:2461343/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:2463142/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:2465246/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:240555/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:2286303/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:2867407/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:870078/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:873731/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:944677/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:1628162/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGAACTGCGTg > 1:2632244/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTAACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:2965012/1‑68 (MQ=255) cATTAAAGCGGGTGATGTGATCACATCACTGAACGGTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTg > 1:654230/1‑68 (MQ=255) atgtgatCACCTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTa > 1:776195/1‑69 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:521979/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:751602/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:1055967/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:2679087/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:2733469/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:349996/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:527343/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:1309794/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:1904244/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:1327741/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:137756/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:1441039/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTa > 1:1601599/1‑67 (MQ=255) cTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAgg < 1:1596561/69‑1 (MQ=255) aCTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCa < 1:3291157/45‑1 (MQ=255) aCTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCa < 1:3278874/45‑1 (MQ=255) aCTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCa < 1:2337355/45‑1 (MQ=255) aCTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCa < 1:1929923/45‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:2394152/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:3283689/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:768767/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:651479/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:3121361/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:2996441/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:2968564/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:2109685/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:810878/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:716099/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:19029/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:1194154/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:945901/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:1576689/69‑1 (MQ=255) tGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGgcagca < 1:1872981/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGGCAGCAAACTGa < 1:433133/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGGCAGCAAACTGa < 1:3350702/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGGCAGCAAACTGa < 1:1965202/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGGCAGCAAACTGa < 1:1533438/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGCAGGCAGCAAACTGa < 1:3200077/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCTGTAGGTAGCAAACTGa < 1:1385164/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTATCAAACTGa < 1:736255/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTATCAAACTGa < 1:259112/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTATCAAACTGa < 1:1098724/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:476085/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:368390/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:568867/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:3192383/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:2987693/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:2815599/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:2615035/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:1974306/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:1970038/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:1696087/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:1351298/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:133879/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:126320/69‑1 (MQ=255) gTAAGCCAATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGCACTATGCCGGTAGGTAGCAAACTGa < 1:1077257/69‑1 (MQ=255) | ATTCCTCCGCTGCAAAAGCGGGCATTAAAGCGGGTGATGTGATCACCTCACTGAACGGTAAGCCGATCAGCAGCTTTGCCGCACTGCGTGCTCAGGTGGGTACTATGCCGGTAGGCAGCAAACTGA > minE/160673‑160798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |