| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,000,536 | A→C | 48.0% | P249P (CCT→CCG) | gss ← | fused glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,000,536 | 0 | A | C | 48.0% | ‑1.4 / 89.8 | 73 | P249P (CCT→CCG) | gss | fused glutathionylspermidine amidase and glutathionylspermidine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/15); new base C (28/7); total (51/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.05e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 | |||||||||||
GCAGCTCGTTGGTGGCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAG > minE/2000472‑2000604 | gCAGCTCGTTGGTGGCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGAt < 1:2965301/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCGTTGGTGGCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGAt < 1:3068767/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCGTTGGTGGCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGAt < 1:3178781/69‑1 (MQ=255)gCAGCTCGTTGGTGGCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGAt < 1:1563798/69‑1 (MQ=255) gCTCGTTGGTGGCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCt > 1:764320/1‑69 (MQ=255) gCTCGTTGGTGGCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCt > 1:1876101/1‑69 (MQ=255) cGTTGGTGGCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCtga > 1:3210665/1‑68 (MQ=255) cGTTGGTGGCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCtga > 1:2892453/1‑68 (MQ=255) cGTTGGTGGCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCtga > 1:2707737/1‑68 (MQ=255) cGTTGGTGGCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCtga > 1:3063904/1‑68 (MQ=255) cGTTGGTGGCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCtga > 1:2271261/1‑68 (MQ=255) cGTTGGTGGCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCtga > 1:57936/1‑68 (MQ=255) tggtggCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCtgattg < 1:3017970/68‑1 (MQ=255) tggtggCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCtgattg < 1:1438413/68‑1 (MQ=255) tggtggCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCtgattg < 1:1451756/68‑1 (MQ=255) tggtggCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCtgattg < 1:2792621/68‑1 (MQ=255) tggtggCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCtgattg < 1:3406619/68‑1 (MQ=255) tggtggCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCtgattg < 1:1106206/68‑1 (MQ=255) tggtggCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCtgattg < 1:1779413/68‑1 (MQ=255) tggtggCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCtgattg < 1:3278790/68‑1 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:2247945/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:1251631/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:3139702/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:1152684/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:2330951/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:1134259/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:819748/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:2577882/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:2591799/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:2616696/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:3040802/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:2843476/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:2243919/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:1983052/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:1237382/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:1475127/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:1792539/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:1773403/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:1667869/1‑69 (MQ=255) gtggCTTTAATCAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATc > 1:3282809/1‑69 (MQ=255) tCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTTATCACCTGGCCGTTGGcc > 1:2062418/1‑69 (MQ=255) tCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATCACCTGGCCGTTGGcc > 1:3044948/1‑69 (MQ=255) tCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCtgattg < 1:3067008/51‑1 (MQ=255) gCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGca < 1:1080208/69‑1 (MQ=255) gCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGca < 1:1246745/69‑1 (MQ=255) cTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGa > 1:750167/1‑37 (MQ=255) cTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGca > 1:2196367/1‑68 (MQ=255) cTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGca > 1:1179058/1‑68 (MQ=255) cTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGATGGCCTGc > 1:489217/1‑67 (MQ=255) tAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATCACCTGGCCGTTGGCCTGTACATAGGCGtttt < 1:975532/66‑1 (MQ=255) tAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATCACCTGGCCGTTGGCCTGTACATAGGCGtttt < 1:312384/66‑1 (MQ=255) tAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATCACCTGGCCGTTGGCCTGTACATAGGCGtttt < 1:1038797/66‑1 (MQ=255) tAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATCACCTGGCCGTTGGCCTGTACATAGGCGtttt < 1:288834/66‑1 (MQ=255) tAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATCACCTGGCCGTTGGCCTGTACATAGGCGtttt < 1:2546533/66‑1 (MQ=255) tAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATCACCTGGCCGTTGGCCTGTACATAGGCGtttt < 1:2852490/66‑1 (MQ=255) tAATGGTGTAGTAATGATACGGATCCTGATTGATCACCTGGCCGTAGGCCTGTACATAGGCGtttt < 1:2862550/66‑1 (MQ=255) gtaATGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCttt > 1:1825523/1‑69 (MQ=255) aTGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGca > 1:2677683/1‑41 (MQ=255) aTGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCg > 1:1351246/1‑49 (MQ=255) aTGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCg > 1:1282506/1‑49 (MQ=255) aTGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCg > 1:906145/1‑49 (MQ=255) aTGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCg > 1:1575217/1‑49 (MQ=255) aTGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCg > 1:813748/1‑49 (MQ=255) aTGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCg > 1:1822045/1‑49 (MQ=255) aTGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTc > 1:1446215/1‑69 (MQ=255) aTGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTc > 1:2852803/1‑69 (MQ=255) aTAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCtttttaa > 1:683500/1‑65 (MQ=255) aTAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCa > 1:732081/1‑67 (MQ=255) aTAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCa > 1:1595469/1‑67 (MQ=255) aTAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCa > 1:1227029/1‑67 (MQ=255) aTAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCa > 1:2509803/1‑67 (MQ=255) aTAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCa > 1:2513511/1‑67 (MQ=255) aTAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCa > 1:3001311/1‑67 (MQ=255) aGGATCGTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:363397/69‑1 (MQ=255) aGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:111915/69‑1 (MQ=255) aGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:3028231/69‑1 (MQ=255) aGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:1075226/69‑1 (MQ=255) aGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:3407300/69‑1 (MQ=255) aGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:1881469/69‑1 (MQ=255) aGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:3154529/69‑1 (MQ=255) aGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:225442/69‑1 (MQ=255) aGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:2277631/69‑1 (MQ=255) aGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAg < 1:2754017/69‑1 (MQ=255) | GCAGCTCGTTGGTGGCTTTAATTAGCTCCTGCTCGGCACTCTCGGTAATGGTGTAGTAATGATAAGGATCCTGATTGATCACCTGACCGTTGGCCTGCACATAGGCGTTTTGCAGCGGATCTTTTTCATCCAG > minE/2000472‑2000604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |